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Archivio digitale delle tesi discusse presso l'Università di Pisa

 

Tesi etd-07112017-121124


Tipo di tesi
Tesi di specializzazione (5 anni)
Autore
ARENA, FABIO
URN
etd-07112017-121124
Titolo
Studio epidemiologico e genotipico di Enterobatteri produttori di carbapenemasi isolati da pazienti colonizzati in strutture di lungodegenza per acuti
Struttura
RICERCA TRASLAZIONALE E DELLE NUOVE TECNOLOGIE IN MEDICINA E CHIRURGIA
Corso di studi
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Commissione
relatore Prof. Rossolini, Gian Maria
Parole chiave
  • colonizzazione
  • cloni batterici
  • carbapenemasi
  • infection control
Data inizio appello
27/07/2017;
Consultabilità
parziale
Data di rilascio
27/07/2087
Riassunto analitico
Introduzione
La diffusione degli Enterobatteri produttori di carbapenemasi (CPE) ha raggiunto dimensioni allarmanti a livello mondiale. A causa del loro profilo di multi-resistenza agli antibiotici, i CPE, infatti, pongono notevoli problemi clinici. In Italia, dopo le prime segnalazioni di casi sporadici di infezioni da CPE (soprattutto ceppi di Klebsiella pneumoniae produttori di KPC, KPC-KP), alla fine degli anni 2000, si sono susseguiti importanti outbreak in ospedali per acuti e attualmente la diffusione di CPE in Italia viene considerata endemica. I dati riguardanti l’epidemiologia dei CPE in strutture di lungodegenza e riabilitazione tuttavia sono molto limitati e non è noto se le misure di contenimento normalmente adottate negli ospedali per acuti valgano anche per queste strutture. Inoltre, le caratteristiche genotipiche degli isolati batterici di CPE ottenuti da strutture di lungodegenza e riabilitazione non sono mai state studiate in precedenza.

Obiettivo
L’obiettivo di questa tesi è stato quello di valutare l’impatto epidemiologico e l’efficacia di un programma di sorveglianza attiva per colonizzazione intestinale da CPE in due Strutture di Lungodegenza per acuti.
Obiettivo secondario è stato quello di studiare le caratteristiche genotipiche degli isolati batterici di CPE ottenuti durante il programma di sorveglianza, tramite l’utilizzo del sequenziamento del genoma batterico.

Metodi
Lo studio è stato eseguito presso due Centri (F1 e F2) di Lungodegenza per acuti e riabilitazione del Centro Italia. Le due strutture ammettono pazienti con alta intensità di cura (cod. 75), con Gravi Cerebrolesioni Acquisite, e pazienti con media intensità di cura (cod. 56) che seguono un iter riabilitativo in seguito ad interventi, ortopedici, neurologici, cardiologici e polmonari.
Nel Luglio 2015, presso la F1 è stata condotta una point prevalence survey (PPS) per colonizzazione e/o infezione da CPE su tutti i pazienti degenti.
I dati sono stati raccolti secondo la metodologia proposta dall’ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control).
Presso il centro F2 era già in atto, a partire dall’anno 2015, un programma di sorveglianza basato sull’esecuzione di tamponi rettali, per tutti i nuovi pazienti ammessi, al momento dell’ingresso in reparto ed a seguire con cadenza settimanale. I pazienti risultati positivi escono dallo screening e vengono considerati colonizzati per tutta la durata della degenza ed ai ricoveri successivi. Presso il centro F1, un programma di screening analogo è stato implementato dal 1° Gennaio 2016.
In entrambi i centri, i pazienti positivi per CPE allo screening vengono sottoposti a isolamento funzionale da contatto, preferibilmente (ove possibile) raggruppati in aree separate del reparto e sottoposti a un programma riabilitativo dedicato che prevede riabilitazione in camera o accesso limitato ad alcune fasce orarie alle palestre.
Durante l’anno 2016 sono state ripetute 3 sorveglianze puntuali per la colonizzazzione da CPE, nei centri di F1 e F2, nelle date: 1 Gennaio, 30 Giugno, 31 Dicembre.
Il genoma degli isolati batterici ottenuti presso il reparto ad alta intensità di cura della F1 sono stati studiati tramite Next Generation Sequencing (NGS) con tecnologia Illumina e i dati sono stati analizzati tramite una pipeline standard per analisi NGS.

Risultati
Sul totale dei 94 pazienti ricoverati nel giorno della PPS, 60 (64%) sono stati sottoposti a screening. La prevalenza della colonizzazione intestinale da CPE nel giorno della PPS era del 38.3% (23 pazienti colonizzati su 60 sottoposti a screening). La maggioranza dei pazienti colonizzati da CPE (n. 17/22, 77.2%) era ricoverata presso il reparto della Gravi Cerebrolesioni Acquisite Cod. 75. In particolare, l’81% dei pazienti ammessi a questo reparto era colonizzato da CPE.
Per 41 dei pazienti degenti è stata effettuata una revisione della cartella clinica ed è emerso che, nel giorno della PPS, 3 pazienti (7.3%) avevano una infezione da CPE. In particolare due pazienti avevano una infezione delle vie urinarie correlata all’uso di catetere e un altro paziente aveva una infezione della ferita chirurgica.
Nel centro F1, dove l’introduzione del programma di screening è più recente, si è documentato un decremento della prevalenza delle colonizzazioni da CPE dal 90% al 70% per i pazienti degenti nel reparto GCA. Nel centro F2 non ci sono importanti variazioni della prevalenza.
Complessivamente sono stati sottoposti a screening 1080 (89.5% del totale dei ricoveri) pazienti ricoverati presso il centro F1 e 318 (94% del totale dei ricoveri) pazienti ricoverati presso il Centro F2.
Tutti i pazienti positivi allo screening sono risultati essere colonizzati da ceppi di KPC-KP.
La prevalenza di pazienti già positivi al momento del ricovero era elevata per i reparti di Cod.75 di entrambi i centri: 41.5% dei pazienti ammessi già colonizzati in F1 e 28.6% in F2. Nei reparti del Cod. 56, le percentuali erano significativamente più basse 8.6% in F1 e 15% in F2.
Allo stesso modo la percentuale di pazienti entrati negativi che si sono positivizzati durante la degenza era più elevata nei reparti Cod. 75 (63.5% per F 1 47.5% per F2) rispetto agli altri reparti (6.8 per F1 11.4 per F2).
Concordemente, con il dato di prevalenza, per il reparto Cod. 75 di F1 è stato documentato un declino significativo della incidenza 17.7 casi/100 settimane a rischio a 8.6 casi/100 settimane a rischio. Per gli altri reparti, Cod. 56 di F1 e per il centro F2 non sono state documentate variazioni di significato.
Dall’analisi dei dati ottenuti tramite NGS è stato possibile caratterizzare un nuovo clone di KPC-KP, mai segnalato prima in letteratura (denominato Sequence Type 2502), che circola quasi esclusivamente tra pazienti già ammessi alla struttura. Tale clone, che colonizza circa il 50% dei pazienti degenti presso il reparto Cod.75, è caratterizzato da un esteso profilo di resistenza agli antibiotici (inclusa la resistenza alla gentamicina che è altrimenti relativamente infrequente) e da un basso contenuto di geni di virulenza.

Conclusioni
La diffusione della colonizzazione da KPC-KP ha raggiunto dimensioni allarmanti anche nelle strutture di lungodegenza per acuti. Fra i pazienti ammessi a queste Strutture, quelli ricoverati presso il reparti ad alta intensità di cura (Gravi Cerebrolesioni Acquisite, Cod. 75) sono maggiormente interessati. Nella struttura studiata, questi pazienti, sono frequentemente colonizzati da cloni di KPC-KP diversi da quelli riportati come prevalenti negli ospedali per acuti.
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