Tesi etd-11222018-132618 |
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Tipo di tesi
Tesi di laurea magistrale
Autore
DI MAGGIO, MATTEO
URN
etd-11222018-132618
Titolo
Analisi della struttura genetica di Aphanius fasciatus (Teleostei, Cyprinodontidae) a Cipro: implicazioni per la conservazione
Dipartimento
BIOLOGIA
Corso di studi
BIOLOGIA MARINA
Relatori
relatore Prof. Maltagliati, Ferruccio
Parole chiave
- Aphanius fasciatus
- Cipro
- COI
- CR
- genetica della conservazione
Data inizio appello
10/12/2018
Consultabilità
Non consultabile
Data di rilascio
10/12/2088
Riassunto
Il lavoro di tesi si prefissa l’obbiettivo di contribuire alla valutazione dello stato di conservazione delle
popolazioni di Aphanius fasciatus provenienti da 3 ambienti salmastri dell’isola di Cipro ed andarlo a
confrontare con quello di una popolazione Italiana proveniente da Lesina (Adriatico meridionale).
I campioni utilizzati sono costituiti da 30 organismi completi per ogni località di studio, conservati in etanolo
al 96% a -18°C. Il DNA genomico totale è stato estratto da un frammento di tessuto muscolare tramite il
protocollo di estrazione “salting out”.
Successivamente tramite PCR sono stati amplificati due marcatori mitocondriali ossia la Control Region (CR)
e il gene codificante per la subunità I della citocromo C ossidasi (COI). L’avvenuta amplificazione è stata
verificata tramite elettroforesi su gel di agarosio. In seguito gli amplificati sono stati precipitati ed inviati ad
un servizio di sequenziamento esterno. I cromatogrammi ottenuti sono stati tagliati nei punti idonei in
modo da ottenere sequenza attendibili e confrontabili tra loro.
Le sequenze nucleotidiche così ottenute rappresentano il set di dati necessario per svolgere le analisi
statistiche, che sono attualmente in corso. In particolare saranno calcolati gli estimatori di variabilità
genetica all’interno delle popolazione ed anche quelli di diversità genetica tra di esse. Sarà inoltre eseguita
l’analisi della varianza molecolare (AMOVA), sarà costruito il network degli aplotipi e sarà effettuato il test
Bayesiano di assegnazione per indagare approfonditamente la struttura genetica. Infine saranno applicate
le analisi statistiche finalizzate ad indagare la demografia storica della specie nell’area di studio.
popolazioni di Aphanius fasciatus provenienti da 3 ambienti salmastri dell’isola di Cipro ed andarlo a
confrontare con quello di una popolazione Italiana proveniente da Lesina (Adriatico meridionale).
I campioni utilizzati sono costituiti da 30 organismi completi per ogni località di studio, conservati in etanolo
al 96% a -18°C. Il DNA genomico totale è stato estratto da un frammento di tessuto muscolare tramite il
protocollo di estrazione “salting out”.
Successivamente tramite PCR sono stati amplificati due marcatori mitocondriali ossia la Control Region (CR)
e il gene codificante per la subunità I della citocromo C ossidasi (COI). L’avvenuta amplificazione è stata
verificata tramite elettroforesi su gel di agarosio. In seguito gli amplificati sono stati precipitati ed inviati ad
un servizio di sequenziamento esterno. I cromatogrammi ottenuti sono stati tagliati nei punti idonei in
modo da ottenere sequenza attendibili e confrontabili tra loro.
Le sequenze nucleotidiche così ottenute rappresentano il set di dati necessario per svolgere le analisi
statistiche, che sono attualmente in corso. In particolare saranno calcolati gli estimatori di variabilità
genetica all’interno delle popolazione ed anche quelli di diversità genetica tra di esse. Sarà inoltre eseguita
l’analisi della varianza molecolare (AMOVA), sarà costruito il network degli aplotipi e sarà effettuato il test
Bayesiano di assegnazione per indagare approfonditamente la struttura genetica. Infine saranno applicate
le analisi statistiche finalizzate ad indagare la demografia storica della specie nell’area di studio.
File
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