• Serchio
• decapoda
• anfibia
• mock community
• monitoraggio

Il mutamento delle condizioni ambientali, così come le misure di salvaguardia adottate per far fronte a tali cambiamenti, hanno sollevato la necessità di strumenti capaci di fornire risposte veloci ed efficaci per la valutazione dello stato di aree di rilievo naturalistico, rispettando obiettivi ambientali e climatici prioritari. Il progetto “Quello che l’occhio non vede ma il DNA ambientale sì” si propone di indagare le specie legate al bacino idrologico del fiume Serchio, attraverso tecniche molecolari come il metabarcoding di DNA ambientale e monitoraggio tradizionale, con particolare attenzione alla batracofauna e decapodi di acqua dolce, per aggiornare la distribuzione di specie presenti nelle liste della Direttiva 92/43/CEE ed annotare la presenza di specie aliene e/o invasive. Il presente progetto di tesi comprende le attività preliminari svolte in tale studio. Da febbraio 2021 sono stati raccolti dati bibliografici sulla presenza di specie target all’interno del bacino idrografico del fiume Serchio. In seguito, sono stati programmati ed effettuati transetti per acquisire dati puntuali di presenza, georeferenziati tramite dispositivo Garmin eTrex® 30 e software OruxMaps®. In parallelo, sono stati raccolti campioni di tessuto da cui è stato estratto DNA. Tali estratti sono stati quantificati ed utilizzati per comporre una mock community su cui validare in vitro un set di primer per 3 marcatori (12S, COI e 18S), precedentemente selezionati tramite screening bibliografico e testati in silico per svolgere analisi metabarcoding. A seguito del perfezionamento del protocollo di amplificazione, i prodotti di PCR sono stati inviati alla ditta GENEWIZ Inc. (Germania) per sequenziamento Novaseq 250 bp paired-end. Per valutare l’output di sequenziamento, le reads ottenute sono state elaborate tramite pipeline di Qiime2, filtrate e raggruppate in ASV (Amplicon Sequence Variants) e confrontate con database di riferimento per ogni marcatore fino all’assegnazione tassonomica. Durante i monitoraggi svolti da marzo ad ottobre 2021, sono stati effettuati transetti su 59 torrenti all’interno del bacino del fiume Serchio e raccolti 254 waypoints. Per la composizione della mock community, sono stati utilizzati 30 ng di DNA da ogni estratto (29 specie di metazoi in totale). Dall’ amplificazione, sequenziamento ed analisi delle reads ottenute con i primer per i marcatori molecolari selezionati, il 12S e la COI risultano i migliori per il riconoscimento tassonomico delle ASV fino al livello di specie, mentre il 18S mostra una minore risoluzione tassonomica.