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Latte e prodotti derivati sono tra gli alimenti più consumati a livello globale. Il profilo microbiologico di questi prodotti (analisi igienico-sanitarie) è comunemente analizzato con metodiche colturali o molecolari classiche. Le tecnologie di Sequenziamento di Nuova Generazione (NGS) rappresentano una valida alternativa. In questo studio è stata condotta una revisione della letteratura scientifica in cui le tecnologie NGS venivano applicate all’analisi del microbioma in latte e prodotti derivati. Gli studi sono stati analizzati in base a diversi criteri, inclusi la tipologia di alimento (latte crudo, prodotti lattiero caseari fermentati, formaggi), la specie, l’applicazione (metabarcoding, WGS, shotgun) e la piattaforma NGS utilizzata e la finalità dell’analisi (indagine relativa alla sicurezza del prodotto, alla tecnologia di produzione o alla valutazione della tracciabilità). In totale sono stati selezionati 116 studi. Il latte e il formaggio di bovino sono stati il tipo di alimento più studiato (40,5% degli studi). L’applicazione metabarcoding (77,1%) su piattaforma Illumina (78,4%) è stata quella maggiormente riscontrata. La finalità degli studi era principalmente legata alle tecnologie di produzione (53,4%). I risultati confermano che l’analisi del microbioma nei prodotti lattiero-caseari mediante NGS risulta un valido metodo per valutare l’efficacia delle tecnologie di produzione e caratterizzare il prodotto da un punto di vista igienico-sanitario. Tuttavia, gli aspetti legati alla valutazione della tracciabilità (microbioma a garanzia di origine di un prodotto) sono ancora poco indagati. Un’implementazione del metodo in tal senso potrebbe garantire una più efficace attività di controllo di filiera.

Milk and milk products are among the most consumed foods globally. The microbiological profile of these products (hygiene analysis) is commonly analysed with classical culture or molecular methods. New Generation Sequencing (NGS) technologies represent a viable alternative. In this study, a review of the scientific literature was conducted in which NGS technologies were applied to the analysis of the microbiome in milk and milk products. The studies were analysed according to several criteria, including the type of food (raw milk, fermented dairy products, cheese), the species, the application (metabarcoding, WGS, shotgun) and the NGS platform used, and the purpose of the analysis (investigation related to product safety, production technology or traceability assessment). In total, 116 studies were selected. Cow's milk and cheese were the most studied food type (40.5% of studies). Metabarcoding application (77.1%) on the Illumina platform (78.4%) was the most frequently encountered. The purpose of the studies was mainly related to production technologies (53.4%). The results confirm that the analysis of the microbiome in dairy products by means of NGS is a valid method for assessing the effectiveness of production technologies and characterising the product from a hygiene and health point of view. However, the aspects of traceability assessment (microbiome as a guarantee of a product's origin) are still poorly investigated. An implementation of the method in this sense could guarantee a more effective supply chain control activity.