ETD

• bioinformatica
• genomica
• j2ee
• webservices

1 Prefazione......7

2 Health Care Information Systems........9
3 Genomica e Bioinformatica..........14
3.1 Microarrays.......................16
3.1.1 Analisi dei microarray..........17
3.2 Strumenti per l’analisi di microarray.......19
3.2.1 GenePix Microarray Scanner....19
3.2.2 Struttura dei file ATF, GPR, GAL......22
3.2.3 R.............................23
3.2.4 Basi di dati per le biotecnologie........24
4 Web services..............................27
4.1 Definizione...........................27
4.2 Caratteristiche dei web services.............................27
4.3 Pila protocollare dei web services..........................28
4.4 Vantaggi nell’uso dei web services........................30
4.5 Perché i web services.......31
4.5.1 L’integrazione tra le sorgenti di dati....31
4.5.2 Vantaggi dei WS nella ricerca biologica..32
4.5.3 Requisiti dei software candidati ad essere “tradotti” in web services........36
4.5.4 I Client dei web services...............36
4.6 AXIS per lo sviluppo dei web services......37
4.6.1 Tomcat come container di AXIS......38
5 La piattaforma J2EE.........40
5.1 Descrizione.....................40
5.2 Pattern MVC......................44
5.2.1 Vantaggi del pattern MVC............46
5.3 Jsp, servlet, JavaBean........46
5.4 L’ambiente di sviluppo: NetBeans IDE.......48
6 Il prototipo realizzato..................49
6.1 Introduzione............................49
6.2 InfoGene........50
6.2.1 L’interfaccia web..............51
6.2.2 La logica di gestione............54
6.2.3 La logica di connessione con la base di dati...55
6.2.4 La struttura della base di dati.........56
6.2.5 Considerazioni sulla sicurezza e la privacy...61
6.3 R come web service.............62
6.3.1 JRI.............................62
6.3.2 RServe............................63
6.3.3 La Classe Java............64
6.3.4 Il ruolo di AXIS..............66
6.4 Il Client....................72
6.4.1 Le pagine JSP...............72
6.4.2 Le Servlet...............74
7 Conclusioni.................76
8 Sviluppi futuri...........77
9 Appendici............79
9.1 Installazione di Apache Tomcat...........79
9.1.1 Operazioni preliminari.......... 79
9.1.2 Variabili d'ambiente..........79
9.1.3 Avvio e arresto di Tomcat........ 80
9.1.4 La struttura delle directory di Tomcat..80
9.1.5 Il protocollo HTTPS.......... 81
9.2 Installazione e configurazione di AXIS....83
9.3 R..........84
9.3.1 Installazione e configurazione di RServe..87
9.4 Il formato XML..............87
9.4.1 Breve storia di XML.........87
9.4.2 Struttura di documenti XML......88
9.5 Esempi di file ATF, GAL, GPR....98
10 Bibliografia................100