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• dinamica molecolare
• PPT1
• computational medicinal chemistry
• ceroidolipofuscinosi
• Palmitoyl Protein Thioesterase 1

Questo progetto di tesi mira a studiare il panorama delle mutazioni missense della Palmitoyl Protein Thioesterase 1 (PPT1) e a iniziare a testare potenziali metodi per analizzarle. PPT1 è un enzima lisosomiale implicato in diverse patologie, principalmente in un tipo di ceroidolipofuscinosi neuronale, quella in passato conosciuta come "infantile" (INCL), una rara condizione neurodegenerativa ereditaria la cui principale causa è la presenza di una o più mutazioni nel gene CLN1 che codifica per PPT1 (ad oggi, sono state identificate oltre 300 mutazioni). In questa tesi sono state create delle mappe tridimensionali delle mutazioni missense in modo da poterle studiare tenendo conto della loro posizione sulla struttura. Sono stati successivamente testati dei software bioinformatici, valutando l'affidabilità di ciascuno di essi nel predire la potenziale patogenicità delle mutazioni missense di PPT1. Inoltre, sono state condotte simulazioni di dinamica molecolare ponendo le basi per sviluppare un protocollo computazionale per lo studio dell'effetto delle mutazioni su una proteina.