ETD

• bioinformatic
• bioinformatica
• Cucurbita spp.
• elementi trasponibili
• elementi trasponibili esaptati
• exapted transposable elements
• geni di resistenza
• resistance genes
• transposable elements

Gli elementi trasponibili rappresentano una componente rilevante dei genomi vegetali e una potenziale fonte di innovazione evolutiva. Attraverso l’esaptazione, sequenze derivate da elementi trasponibili possono essere cooptate dal genoma ospite e acquisire nuove funzioni, dando origine a nuovi geni (Exapted Transposable Element, ETE). In questo lavoro è stata caratterizzata la componente ripetuta dei genomi di sei taxa di Cucurbita (C. pepo, C. argyrosperma subsp. argyrosperma, C. argyrosperma subsp. sororia, C. moschata, C. maxima e C. ficifolia), analizzando abbondanza, distribuzione, età di inserzione e relazioni filogenetiche degli elementi trasponibili. È stato inoltre indagato il possibile contributo dell’esaptazione all’evoluzione dei geni di resistenza, analizzando un repertorio di 508 geni NB-LRR. Sono stati identificati 4.965 elementi trasponibili full-length che rappresentano mediamente oltre il 30% degli assemblaggi genomici analizzati. Infine, dal repertorio di 508 geni NB-LRR sono stati identificati 260 NB-LRR ETE. La maggior parte degli NB-LRR ETE associati a specifici lineage deriva da retrotrasposoni a long terminal repeat (LTR) della superfamiglia Copia. I risultati suggeriscono che l’esaptazione degli elementi trasponibili abbia rappresentato un processo ricorrente nell’evoluzione di geni NB-LRR di Cucurbita, evidenziandone il potenziale ruolo come fonte di diversificazione e innovazione genomica nei geni coinvolti nella difesa delle piante.