• Dinamica molecolare
• Docking molecolare
• Modelli farmacoforici
• STARD3
• Virtual screening

STARD3 è una proteina della famiglia START (Steroidogenic Acute Regulatory protein-related lipid Transfer) con un ruolo cruciale nel trasporto e nella regolazione dei lipidi nelle cellule, in particolare del colesterolo. Il ruolo di STARD3 è particolarmente rilevante in alcune patologie, tra cui malattie neurodegenerative e alcuni tipi di tumori.
L’obiettivo della tesi è stato quello di applicare un protocollo computazionale per sviluppare modelli farmacoforici a partire dalla struttura cristallografica della STARD3 in forma apo, da utilizzare per la ricerca di nuovi inibitori di questa proteina.
Per questo scopo, il sito attivo della proteina è stato mappato mediante processi di docking molecolare, utilizzando frammenti sonda per la ricerca di hotspots da sfruttare nella costruzione di modelli farmacoforici. La pose di ciascun frammento è stata sottoposta a simulazioni di dinamica molecolare, per valutare la stabilità delle interazioni frammento-proteina. Le interazioni rappresentative di ogni ligando sono state utilizzate per generare features farmacoforiche, con le quali sono stati costruiti modelli farmacoforici receptor-based.
Tali modelli sono stati utilizzati per effettuare virtual screening che hanno permesso di identificare un dataset di molecole su cui verranno effettuate ulteriori analisi computazionali al fine di indentificare le molecole più promettenti come potenziali nuovi inibitori STARD3.