ETD

Archivio digitale delle tesi discusse presso l’Università di Pisa

Tesi etd-08182012-162840

Tipo di tesi

Tesi di laurea magistrale

URN

etd-08182012-162840

Titolo

Ricerca di bubbles nei grafi di de Bruijn e applicazione all'analisi di RNA-seq data

Dipartimento

INFORMATICA

Corso di studi

INFORMATICA

Parole chiave

alternative splicing
Bioinformatica
grafo de Bruijn
kissplice
mouthcycle
single nucleotide polymorphism
snp

Data inizio appello

12/10/2012

Consultabilità

Completa

Riassunto (Inglese)

Riassunto (Italiano)

Studio approfondito del contesto biologico legato alla formazione di particolari strutture dette bubbles nei grafi di de Bruijn generati da esperimenti di sequenziamento di RNA. Implementazione dell'algoritmo MouthCycle per l'individuazione delle bubbles ed integrazione dello stesso in uno strumento di analisi dati RNA-seq chiamato KisSplice con l'obiettivo di ridurne i tempi di esecuzione ed aumentarne le potenzialità di analisi.

File

Nome file	Dimensione
Tesi_Pao..._0810.pdf	3.61 Mb
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