Tesi etd-06092026-114333 |
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Tipo di tesi
Tesi di laurea magistrale
URN
etd-06092026-114333
Titolo
Allineamento Semiglobale a Banda su Pangenomi: filtraggio e traceback ramificato
Dipartimento
INFORMATICA
Corso di studi
INFORMATICA
Relatori
.
relatore Pisanti, Nadia
Parole chiave
- Alignment
- Allineamento
- Filtering
- Pangenoma
- Pangenomics
- Traceback
Data inizio appello
17/07/2026
Consultabilità
Tesi non consultabile
Riassunto (Inglese)
Riassunto (Italiano)
Il progetto si focalizza sulla pangenomica computazionale, puntando allo sviluppo di un algoritmo per mappare pattern lineari all'interno di strutture pangenomiche non lineari (D-String ed ED-String) per la ricerca di varianti genomiche con una certa tolleranza di dissimilarità.
Il cuore dell'algoritmo si struttura in tre fasi principali:
- Preprocessing: estrazione dei "minimizer", piccole regioni volte a conservare un riferimento esatto di potenziali regioni simili nel testo e nel pattern
- Filtraggio e Pruning: severo filtraggio dei minimizer in base alla posizione e vincoli legati alla soglia di dissimilarità.
- Allineamento e Traceback: estensione dei minimizer, allineamento tramite l'utilizzo della Banded Edit Distance e traceback ramificato.
Il cuore dell'algoritmo si struttura in tre fasi principali:
- Preprocessing: estrazione dei "minimizer", piccole regioni volte a conservare un riferimento esatto di potenziali regioni simili nel testo e nel pattern
- Filtraggio e Pruning: severo filtraggio dei minimizer in base alla posizione e vincoli legati alla soglia di dissimilarità.
- Allineamento e Traceback: estensione dei minimizer, allineamento tramite l'utilizzo della Banded Edit Distance e traceback ramificato.
File
| Nome file | Dimensione |
|---|---|
Tesi non consultabile. |
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