• pattern_matching cbg regular_expression bit_parall

PROSITE è un database contenente pattern di famiglie proteiche, espresse attraverso CBG (Classes of characters and Bounded size Gaps). Data una proteina, espressa come una sequenza di amminoacidi, si vuole conoscere quali famiglie sono contenute al suo interno. L'oggetto di questa tesi è stato lo studio delle caratteristiche di questi pattern e delle sequenze di amminoacidi al fine di proporre un metodo efficiente di riconoscimento che permette la costruzione di un indice in cui le query hanno un tempo basso di esecuzione.