ETD

• diversità microbica
• geographical origin
• latte ovino
• microbiota
• origine geografica
• sequenziamento NGS 16S rRNA
• sheep milk

Il presente lavoro di tesi si propone di analizzare, mediante tecniche di sequenziamento di nuova generazione (NGS), il microbiota di campioni di latte ovino provenienti da aziende localizzate in due diverse aree geografiche, la Toscana (provincia di Grosseto) e il Lazio (provincia di Viterbo), al fine di valutare l’effetto dell’origine geografica sulla composizione della comunità microbica. L’approccio principale dello studio è stato quindi la caratterizzazione molecolare del microbiota attraverso il sequenziamento della regione V3-V4 del gene 16S rRNA. In aggiunta, i campioni sono stati sottoposti anche ad analisi microbiologiche colturali. Per valutare l’effetto di area geografica, stagione e della loro interazione sono stati applicati modelli lineari misti agli indici di alpha diversity e alle conte microbiologiche, considerando l’azienda come effetto casuale; la beta diversity è stata invece studiata mediante distanza di Aitchison, PCoA e PERMANOVA. La caratterizzazione 16S ha evidenziato una comunità batterica dominata da generi psicrotrofi Gram-negativi tipici del latte crudo refrigerato, in particolare Pseudomonas e Acinetobacter, mentre Lactococcus è risultato il principale genere lattico. Descrittivamente, i campioni toscani di novembre mostravano un maggiore arricchimento in Pseudomonas, mentre quelli del Lazio di giugno presentavano proporzioni relativamente più elevate di Lactococcus. L’alpha diversity ha mostrato una variabilità moderata tra gruppi e aziende, senza pattern univoci, mentre la beta diversity non ha evidenziato una separazione globale statisticamente significativa tra i gruppi definiti da area geografica e stagione. Le analisi microbiologiche colturali hanno mostrato andamenti coerenti con il quadro generale, con un aumento più marcato della carica batterica totale e di Pseudomonas spp. nei campioni toscani da giugno a novembre. Nel complesso, i risultati indicano che il microbiota del latte ovino presenta una variabilità moderata, ma non una separazione globale statisticamente supportata in funzione della sola area geografica e della stagione. I pattern osservati suggeriscono piuttosto un contributo importante della variabilità azienda-specifica. In questa prospettiva, la caratterizzazione del microbiota mediante 16S rRNA si conferma il fulcro dello studio e uno strumento promettente per approfondire il rapporto tra prodotto, territorio e sistema di allevamento, con potenziali applicazioni nella tracciabilità dell’origine, nella valutazione della qualità e nel monitoraggio della sicurezza.