• Ficus carica
• exaptation
• ete
• esaptazione
• hmm
• ltr

F. carica è una specie tipica del bacino del Mar Mediterraneo la cui produzione è drasticamente diminuita nei decenni scorsi. La tolleranza a particolari stress abiotici, come siccità e salinità del terreno, oltre agli ottimi valori nutrizionali del frutto, la rendono una coltura interessante da studiare per iniziare un programma di miglioramento genetico. Gli elementi trasponibili sono fonte di grande variabilità genetica largamente studiati. Uno dei meccanismi evolutivi per cui possono assumere nuove funzioni all’interno del genoma ospite è l’esaptazione. Si definiscono elementi trasponibili esaptati (ETE) gli elementi trasponibili che, trasposti in un locus genomico, perdono la mobilità e acquisiscono una nuova funzione fenotipica. In questo studio, si fornisce una versione aggiornata dell’annotazione degli LTR-RE in F. carica. Inoltre, si crea una metodologia per l’individuazione degli ETE tramite i profili HMM (Hidden Markov Model) costruiti a partire dagli LTR-RE e ricercati nei prodotti genici di F. carica. I risultati di questa ricerca vengono considerati ETE putativi e vengono studiati ulteriormente per ricercare le caratteristiche che distinguono TE ed ETE. In questo studio vengono presi in analisi espressione, ripetitività e similarità con TE conosciuti. Per ogni caratteristica viene assegnato un punteggio agli ETE putativi. Più alta la somma dei punteggi, maggiore la confidenza con cui si può validare un ETE putativo.