• Trichoderma
• phylogenesis
• molecular identification

Diversità filogenetica di una popolazione di Trichoderma spp. isolata dalla centrale nucleare di Chernobyl (ChNPP) e dagli ambienti circostanti

Lo studio dei funghi estremofili permette di scoprire nuove specie e i loro meccanismi di adattamento agli ambienti estremi; nel caso delle radiazioni, i principali meccanismi coinvolti sono la melanizzazione, il radiotropismo e la capacità di produrre energia e sostanza organica dai radionuclidi. Nei funghi, la delimitazione delle specie è dipendente dalla scelta del concetto di specie e dai criteri selezionati. Per l'identificazione di Trichoderma è possibile utilizzare l’ultimo protocollo ufficiale descritto da Cai and Druzhinina (2021), che richiede l'analisi di tre DNA barcode (ITS, tef1 e rpb2).
Questo studio si propone di identificare a livello di specie 31 ceppi appartenenti al genere Trichoderma isolati in Ucraina a diverse distanze dalla centrale nucleare di Chernobyl (ChNPP).
I 31 ceppi di Trichoderma sono stati portati da una coltura in olio a colture in piastra Petri, per permetterne l’attivo accrescimento. Da queste colture è stata allestita una coltura liquida dalla quale è stato estratto il DNA. Dal DNA sono stati poi amplificati, purificati e sequenziati i tre loci di riferimento, ITS, tef1 e rpb2.
Dalle sequenze ottenute sono state generate delle sequenze consenso; dopo aver creato un database completo dei tre loci per le specie di Trichoderma ad ora note, è stato generato un albero filogenetico tramite Geneious Prime.
L’analisi ha portato alla costruzione di un albero filogenetico, contenente 1029 rami, che ha permesso l’identificazione di 28 dei 31 isolati studiati, corrispondenti a 12 specie note (T. neocrassum, T. longibrachiatum, T. simmonsii, T. citrinoviride, T. camerunense, T. viride, T. gamsii, T. harzianum,T. paraviridescens, T. atroviride,T. atrobrunneum, T. koningiopsis).
Per quanto riguarda i tre isolati non identificati, che “clusterizzano” insieme all’interno dell’albero filogenetico, potrebbero appartenere ad una nuova specie o essere in corso di speciazione. Sarà necessario fare ulteriori analisi, tra cui il sequenziamento dell’intero genoma, per poter arrivare ad attribuire una specie di appartenenza.


Phylogenetic diversity of a Trichoderma spp. population isolated from the Chernobyl Nuclear Power Plant (ChNPP) and its surrounding environments

The study of extremophilic fungi makes it possible to discover new species and their mechanisms of adaptation to extreme environments; in the case of radiation, the main mechanisms involved are melanisation, radiotropism and the ability to produce energy and nutrients from radionuclides.
In fungi, species delimitation depends on the choice of the concept of species and the selected criteria. For the identification of Trichoderma, it is possible to use the latest official protocol described by Cai and Druzhinina (2021), which requires the analysis of three DNA barcodes (ITS, tef1 and rpb2).
This study aims to identify, at species level, 31 strains belonging to Trichoderma genus isolated in Ukraine at different distances from the Chernobyl Nuclear Power Plant (ChNPP).
The 31 strains were transferred from oil culture to Petri dishes to allow their active growth. From these cultures, a liquid culture was made and used for DNA extraction. From the DNA, the three reference loci, ITS, tef1 and rpb2, were then amplified, purified and sequenced.
From the sequences obtained, consensus sequences were generated; after creating a complete database of the three loci for the Trichoderma species known to date, a phylogenetic tree was generated using Geneious Prime.
The analysis led to the construction of a phylogenetic tree with 1029 branches, which allowed the identification of 28 of the 31 isolates studied, corresponding to 12 known species (T. neocrassum, T. longibrachiatum, T. simmonsii, T. citrinoviride, T. camerunense, T. viride, T. gamsii, T. harzianum,T. paraviridescens, T. atroviride,T. atrobrunneum, T.koningiopsis).
Regarding the three unidentified isolates clustering together within the phylogenetic tree, they could be a new species or undergoing speciation. Further genome-wide analysis is needed to obtain a certain identification of these isolates.