• draft genome
• Ficus carica L.
• genoma
• repetitive elements
• sequenze ripetute

Ficus carica L. rappresenta una delle più ragguardevoli specie commerciali appartenenti alla famiglia delle Moraceae, produzione di vanto del bacino del Mediterraneo, contraddistinta da numerose varietà con significativa eterogeneità genetica ed eccezionali attività nutrizionali e farmacologiche, oltre che importanti potenziali applicazioni in ambito agronomico-ambientale e tecnologico. Il presente lavoro si è incentrato sull’assemblaggio del genoma di F. carica ricorrendo ad una strategia ibrida ed a risorse genomiche derivanti da sequenziamento ad elevato parallelismo (Illumina), con ottenimento di un draft genome, e sulla caratterizzazione della sua componente ripetuta. Il risultato dell’assemblaggio consiste in 264.088 scaffold e contig, per un lunghezza totale di 323.708.138 nucleotidi (corrispondente all’87% della lunghezza stimata del genoma), con lunghezza media di 1.225 nucleotidi ed N50 pari a 2.523 nucleotidi. La componente ripetitiva costituisce circa il 58,3% del genoma. Il dato più interessante riguarda il fatto che le due famiglie di DNA ripetitivo maggiormente ripetute nel genoma di F. carica sembrano appartenere alla classe delle SINE. Mentre nei genomi animali questi elementi sono presenti in quantità significative, nei genomi vegetali finora studiati le SINE rappresentano frazioni molto piccole del genoma, di solito intorno all’1%. Gli esperimenti hanno mostrato che queste sequenze rappresentano il 10% del genoma (secondo l’esperimento realizzato utilizzando RepeatExplorer) e il 6-7% del genoma (secondo i dati ottenuti usando RepeatMasker). Tra le altre sequenze ripetute sono stati annoverati: retrotrasposoni con LTR (25,8%), con una significativa prevalenza della superfamiglia Ty3-Gypsy (22,6%) rispetto alla superfamiglia Ty1-Copia (3,2%); trasposoni a DNA (2%), satelliti (1,8%) e sequenze LINE (0,6%). Per valutare la specificità o meno della componente ripetitiva del genoma di F. carica, è stata realizzata un’analisi comparativa nei confronti di Morus notabilis, unica specie appartenente alla famiglia delle Moraceae di cui sono disponibili molte risorse genomiche. I dati indicano l’esistenza di una notevole diversificazione fra la componente ripetitiva dei genomi di queste specie, che sono considerate filogeneticamente vicine. In conclusione, il lavoro rappresenta un primo passo nella produzione di risorse genomiche che potranno in futuro essere utilizzate per caratterizzare i loci coinvolti nella determinazione di caratteri che influenzano la produzione e la qualità del frutto, la resistenza a stress biotici e abiotici e la sintesi e l’accumulo di metaboliti utili.