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Tesi etd-10072019-163505


Thesis type
Tesi di laurea magistrale LM5
Author
GALGANI, MARTA
URN
etd-10072019-163505
Title
Dataset genetico a supporto dei laboratori ufficiali per la gestione delle intossicazioni da funghi in Toscana
Struttura
SCIENZE VETERINARIE
Corso di studi
MEDICINA VETERINARIA
Supervisors
relatore Prof. Armani, Andrea
correlatore Dott.ssa Giusti, Alice
controrelatore Dott.ssa Tinacci, Lara
Parole chiave
  • intossicazioni
  • identificazione di specie
  • gene ITS
  • funghi
  • regione Toscana
Data inizio appello
25/10/2019;
Consultabilità
Secretata d'ufficio
Data di rilascio
25/10/2089
Riassunto analitico
I casi di intossicazione da funghi sono da attribuire principalmente ad erronee identificazioni per la presenza di specie edibili morfologicamente molto simili a quelle tossiche. Per far fronte a tale problematica, molti Paesi UE ne hanno normato la raccolta e la vendita pubblicando liste nazionali delle specie commercializzabili. La lista italiana annovera 73 specie, cui si aggiungono le liste regionali, per un totale di circa 150. Le tecniche molecolari basate sul sequenziamento del DNA rappresentano un valido sistema alternativo per identificare le specie fungine. Ad oggi, il marker molecolare più utilizzato è rappresentato da una regione non codificante del DNA ribosomiale conosciuta come Internal Trascribed Spacer (ITS). Lo scopo di questo studio è stato quello di creare un dataset di riferimento a supporto dei laboratori ufficiali per la gestione efficace delle intossicazioni da funghi, attraverso lo screening delle sequenze depositate in GenBank® e BOLD System. Sono state selezionate 240 specie target individuate tra quelle responsabili dei casi di intossicazione verificatesi in Toscana nel periodo 2007-2017, quelle ad esse morfologicamente simili e quelle, commestibili e non, comunque significativamente presenti nel territorio regionale. Le specie selezionate sono state suddivise tra le seguenti cinque categorie: 1) commestibili (97); 2) sospette non commestibili (16); 3) non commestibili (39); 4) tossiche (74); 5) mortali (14). Le sequenze raccolte sono state dapprima allineate con Geneious Prime 2019.0 (Biomatters Ltd) e successivamente sottoposte ad un processo di screening a due step, che ha portato allo sviluppo di un dendogramma ramificato Neighbour Joining. Assumendo come affidabili tutti i clade con valori di bootstrap >70%, è stato creato il dataset finale. Sono state inizialmente raccolte 3 032 sequenze; per 52 specie (21,7%) non sono state trovate sequenze depositate mentre per 47 specie (19,6%) il numero di sequenze disponibili era limitato a 1 o 2. Il dataset finale è risultato costituito da 2 057 sequenze appartenenti a 176 specie (73,3% delle specie selezionate come target). Per contro, non sono risultate disponibili sequenze per 64 specie (26,6%) e per 16 specie (6,7%) il numero delle sequenze depositate era comunque limitato ad 1-2. Nella maggior parte dei casi (98,8%) le sequenze appartenenti ad una determinata specie target hanno clusterizzato insieme con un valore di bootstrap maggior del 70%. Pertanto, il data set si è dimostrato un valido strumento per identificare e discriminare correttamente la maggior parte delle specie fungine (tossiche e non) presenti sul territorio della regione Toscana. Risulta, Tuttavia, evidente la necessità di sequenziare nuovi esemplari per completare il dataset, in particolare, per quanto riguarda le specie responsabili di intossicazione e più in generale per quelle riconosciute come mortali/tossiche/non commestibili presenti sul territorio.
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