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Tesi etd-09282006-123537


Thesis type
Tesi di laurea vecchio ordinamento
Author
Donato, Michele
email address
michele.donato@gmail.com
URN
etd-09282006-123537
Title
Strumenti informatici di supporto alla ricerca genomica
Struttura
INGEGNERIA
Corso di studi
INGEGNERIA INFORMATICA
Commissione
Relatore Mingozzi, Enzo
Relatore Foglia, Pierfrancesco
Relatore Pellegrini, Silvia
Relatore Prof. Prete, Cosimo Antonio
Parole chiave
  • genomica
  • bioinformatica
  • webservices
  • j2ee
Data inizio appello
26/10/2006;
Consultabilità
parziale
Data di rilascio
26/10/2046
Riassunto analitico
1 Prefazione......7 <br><br>2 Health Care Information Systems........9 <br>3 Genomica e Bioinformatica..........14 <br>3.1 Microarrays.......................16 <br>3.1.1 Analisi dei microarray..........17 <br>3.2 Strumenti per l’analisi di microarray.......19 <br>3.2.1 GenePix Microarray Scanner....19 <br>3.2.2 Struttura dei file ATF, GPR, GAL......22 <br>3.2.3 R.............................23 <br>3.2.4 Basi di dati per le biotecnologie........24 <br>4 Web services..............................27 <br>4.1 Definizione...........................27 <br>4.2 Caratteristiche dei web services.............................27 <br>4.3 Pila protocollare dei web services..........................28 <br>4.4 Vantaggi nell’uso dei web services........................30 <br>4.5 Perché i web services.......31 <br>4.5.1 L’integrazione tra le sorgenti di dati....31 <br>4.5.2 Vantaggi dei WS nella ricerca biologica..32 <br>4.5.3 Requisiti dei software candidati ad essere “tradotti” in web services........36 <br>4.5.4 I Client dei web services...............36 <br>4.6 AXIS per lo sviluppo dei web services......37 <br>4.6.1 Tomcat come container di AXIS......38 <br>5 La piattaforma J2EE.........40 <br>5.1 Descrizione.....................40 <br>5.2 Pattern MVC......................44 <br>5.2.1 Vantaggi del pattern MVC............46 <br>5.3 Jsp, servlet, JavaBean........46<br>5.4 L’ambiente di sviluppo: NetBeans IDE.......48 <br>6 Il prototipo realizzato..................49 <br>6.1 Introduzione............................49 <br>6.2 InfoGene........50 <br>6.2.1 L’interfaccia web..............51 <br>6.2.2 La logica di gestione............54 <br>6.2.3 La logica di connessione con la base di dati...55 <br>6.2.4 La struttura della base di dati.........56 <br>6.2.5 Considerazioni sulla sicurezza e la privacy...61 <br>6.3 R come web service.............62 <br>6.3.1 JRI.............................62 <br>6.3.2 RServe............................63 <br>6.3.3 La Classe Java............64 <br>6.3.4 Il ruolo di AXIS..............66 <br>6.4 Il Client....................72 <br>6.4.1 Le pagine JSP...............72 <br>6.4.2 Le Servlet...............74 <br>7 Conclusioni.................76 <br>8 Sviluppi futuri...........77 <br>9 Appendici............79 <br>9.1 Installazione di Apache Tomcat...........79 <br>9.1.1 Operazioni preliminari.......... 79 <br>9.1.2 Variabili d&#39;ambiente..........79 <br>9.1.3 Avvio e arresto di Tomcat........ 80 <br>9.1.4 La struttura delle directory di Tomcat..80 <br>9.1.5 Il protocollo HTTPS.......... 81 <br>9.2 Installazione e configurazione di AXIS....83 <br>9.3 R..........84 <br>9.3.1 Installazione e configurazione di RServe..87 <br>9.4 Il formato XML..............87 <br>9.4.1 Breve storia di XML.........87 <br>9.4.2 Struttura di documenti XML......88 <br>9.5 Esempi di file ATF, GAL, GPR....98 <br>10 Bibliografia................100 <br>
File