• development
• E12
• E47
• eye
• microarray
• occhio
• rax
• retina
• rx1
• tcf3
• tle2

Riassunto

Il fattore di trascrizione Xrx1 gioca un ruolo chiave nell'ontogenesi e nella patologia dell'occhio.
Esperimenti di microarray, validati in vitro ed in vivo, hanno condotto alla definizione di un set di geni da esso putativamente regolati.
Il presente progetto di tesi si propone affinare la comprensione degli effetti di Xrx1 attraverso la caratterizzazione funzionale di fattori selezionati all'interno della lista di geni sopracitata.
Per mezzo di una procedura bioinformatica semi-automatizzata si sono ricercati possibili bersagli diretti di Xrx1. Inoltre, nei geni regolati da Xrx1 sono stati individuati siti di legame per altri fattori di trascrizione. Sulla base dei dati raccolti, ed alla luce delle informazioni precedentemente ottenute nonché delle nozioni già presenti in letteratura, si sono condotti esperimenti di ibridazione in situ tesi a confermare l'espressione retinica di due geni selezionati: Groucho ed E2A. Si sono poi effettuati clonaggi della sola regione codificante atti alla produzione di mRNA funzionali. Esperimenti di sovraespressione degli mRNA hanno portato alla scoperta di una variazione del dominio di espressione di un marcatore del territorio presuntivo dell'occhio (Pax6) per Groucho, e di alterazioni morfologiche nel caso di E2A. Successivi esperimenti si rendono necessari per la completa caratterizzazione degli effetti osservati.

Abstract

The transcription factor Xrx1 plays a crucial role in eye development and pathology.
Microarray experiments, validated in vitro and in vivo, led to the definition of a set of genes putatively regulated by it.
This dissertation project aims at refining the effects of Xrx1 through the functional characterization of selected factors belonging to the already cited list.
By a semi-automatic bioinformatic pipeline, putative direct targets of Xrx1 have been searched. Other transcription factor binding sites have also been identified in the same set of genes. On the basis of the collected data, database and literature information, in situ hybridization experiments were performed in order to confirm the retinal expression for two selected genes: Groucho and E2A. Molecular cloning of the two coding regions was then performed in order to produce functional mRNA. Overexpression of the two mRNAs led to the discovery of a variation in the expression pattern of an eye field marker (Pax6) for Groucho, and to morphological alterations in the case of E2A. Further analyses are needed to the full understanding of the observed effects.