Thesis etd-07012012-175946 |
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Thesis type
Tesi di specializzazione
Author
DAVINI, SARA
URN
etd-07012012-175946
Thesis title
DISTRIBUZIONE DEI POLIMORFISMI GENETICI DELLE CITOCHINE IN PAZIENTI TRAPIANTATI DI RENE DA DONATORE VIVENTE E LORO INFLUENZA SULLA FUNZIONALITA' RENALE NEL POST TRAPIANTO.
Department
FARMACIA
Course of study
BIOCHIMICA CLINICA
Supervisors
relatore Dott.ssa Mariotti, Maria Luciana
relatore Prof. Lucacchini, Antonio
relatore Prof. Lucacchini, Antonio
Keywords
- eGFR MDRD
- PCR-SSP
- polimorfismi genetici delle citochine
- trapianto di rene da donatore vivente
Graduation session start date
26/07/2012
Availability
Full
Summary
RIASSUNTO
Nel presente lavoro è stata analizzata la distribuzione di 22 polimorfismi distribuiti in 13 geni codificanti per citochine e recettori citochinici in 71 riceventi di rene da donatore vivente. In particolare sono state determinate le frequenze genotipiche dei geni delle citochine IL-1α -889C/T, IL-1β -511C/T e +3962T/C, tumor necrosis factor (TNF)-α -308G/A e -238G/A, IL-2 -330T/G e +166G/T, IL-4 -1098T/G, -590T/C e -33T/C, IL-6 -174G/C e +565G/A, IL-10 -1082G/A, -819C/T e -592C/A, IL-12 -1188C/A, IL-1RA mspa1 11100T/C, interferon (IFN)-γ +874A/T, transforming growth factor (TGF)-β1 +869C/T (codon 10) and +915G/C (codon) 25, IL-1R pst1 1970C/T and IL-4Rα +1902G/A. Tutte le tipizzazioni sono state effettuate con il metodo di PCR-SSP. Allo scopo di valutare l’equilibrio di Hardy-Weinberg (HWE), le frequenze osservate ed attese dei vari genotipi sono state comparate utilizzando il test chi-quadro, attraverso il quale sono state inoltre confrontate le frequenze genotipiche del campione con quelle presenti nella popolazione italiana sana (n=140). Quattro Single Nucleotide Polimorphisms (SNPs) (TGF-β1 cdn 25, TNF-α 238, IL-4 -1098 e IL-4 -33) sono risultati non rispettare l’HWE e dal confronto con la popolazione italiana sono emerse differenze statisticamente significative per i polimorfismi TGF-β1 cdn 25, TNF-α -238, IL-4 -33 e IL-6 -174. Per indagare l’eventuale influenza di questi polimorfismi sulla funzionalità renale nel post trapianto, come parametro bio-umorale per il precoce riconoscimento di un peggioramento della funzionalità del rene sono stati raccolti i valori di creatinina ad 1 anno dal trapianto, che hanno permesso di effettuare una stadiazione della Glomerular Filtration Rate (eGFR), cioè la quantità di filtrato glomerulare prodotta nell’unità di tempo (espressa in mL/min/1.73 m2), calcolata con la formula Modification of Diet in Renal Disease (MDRD). Sulla base dell’eGFR i pazienti sono stati suddivisi in cinque gruppi e per ognuno di essi sono state calcolate le frequenze genotipiche dei suddetti polimorfismi citochinici. In base ai risultati dei test di eterogenità basati sul chi quadro ed effettuati sia a livello genotipico sia genico non sembra esistere un genotipico citochinico o un allele maggiormente rappresentato in una determinata categoria di danno renale. Per poter chiarire l’influenza dei polimorfismi citochinici sulla funzionalità renale dopo il trapianto LDK, sono necessarie ulteriori indagini su un campione numericamente più consistente ed un follow up di almeno tre anni.
SUMMARY
In this study we analyzed 71 recipients of living donor kidney transplantation (LDKT) for the distribution of 22 polymorphisms within 13 cytokine genes. The genotype frequencies were determined for the cytokine genes IL-1α -889C/T, IL-1β -511C/T and +3962T/C, tumor necrosis factor (TNF)-α -308G/A and -238G/A, IL-2 -330T/G and +166G/T, IL-4 -1098T/G, -590T/C and -33T/C, IL-6 -174G/C and +565G/A, IL-10 -1082G/A, -819C/T and -592C/A, IL-12 -1188C/A, IL-1RA mspa1 11100T/C, interferon (IFN)-γ +874A/T, transforming growth factor (TGF)-β1 +869C/T (codon 10) and +915G/C (codon) 25, IL-1R pst1 1970C/T and IL-4Rα +1902G/A. All typings were performed by PCR-SSP assays. In order to test Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), observed and expected frequencies of various genotypes were compared using the X2 test. This test was also used to compare genotype frequencies of the LDKT recipients with healthy Italian subjects (n=140). Four single nucleotide polymorphisms (SNPs) (TGF-β1 cdn 25, TNF-α 238, IL-4 -1098 e IL-4 -33) were not in HW equilibrium and the genotype frequencies of the polymorphisms TGF-β1 cdn 25, TNF-α -238, IL-4 -33 and IL-6 -174 were significantly different compared with those of healthy Italian population. In order to investigate cytokine polymorphisms influence on renal function in the post transplant period, we collected serum creatinine values at 1 year after LDKT for each patient and calculated the glomerular filtration rate (eGFR) (expressed in mL/min/1.73 m2) by modification of diet in renal disease (MDRD) equation. The sample was divided into 5 groups according to the level of renal impairment (based on eGFR). Heterogeneity tests (based on X2 test), both at allele and genotype levels, were performed to compare the 5 groups. No significant differences were found, i.e. no cytokine polymorphisms showed statistically significant association with a particular eGFR group. Further analysis on larger datasets and longer follow up will be needed to clarify the role of cytokine gene polymorphism in the prediction of renal function after LDKT.
Nel presente lavoro è stata analizzata la distribuzione di 22 polimorfismi distribuiti in 13 geni codificanti per citochine e recettori citochinici in 71 riceventi di rene da donatore vivente. In particolare sono state determinate le frequenze genotipiche dei geni delle citochine IL-1α -889C/T, IL-1β -511C/T e +3962T/C, tumor necrosis factor (TNF)-α -308G/A e -238G/A, IL-2 -330T/G e +166G/T, IL-4 -1098T/G, -590T/C e -33T/C, IL-6 -174G/C e +565G/A, IL-10 -1082G/A, -819C/T e -592C/A, IL-12 -1188C/A, IL-1RA mspa1 11100T/C, interferon (IFN)-γ +874A/T, transforming growth factor (TGF)-β1 +869C/T (codon 10) and +915G/C (codon) 25, IL-1R pst1 1970C/T and IL-4Rα +1902G/A. Tutte le tipizzazioni sono state effettuate con il metodo di PCR-SSP. Allo scopo di valutare l’equilibrio di Hardy-Weinberg (HWE), le frequenze osservate ed attese dei vari genotipi sono state comparate utilizzando il test chi-quadro, attraverso il quale sono state inoltre confrontate le frequenze genotipiche del campione con quelle presenti nella popolazione italiana sana (n=140). Quattro Single Nucleotide Polimorphisms (SNPs) (TGF-β1 cdn 25, TNF-α 238, IL-4 -1098 e IL-4 -33) sono risultati non rispettare l’HWE e dal confronto con la popolazione italiana sono emerse differenze statisticamente significative per i polimorfismi TGF-β1 cdn 25, TNF-α -238, IL-4 -33 e IL-6 -174. Per indagare l’eventuale influenza di questi polimorfismi sulla funzionalità renale nel post trapianto, come parametro bio-umorale per il precoce riconoscimento di un peggioramento della funzionalità del rene sono stati raccolti i valori di creatinina ad 1 anno dal trapianto, che hanno permesso di effettuare una stadiazione della Glomerular Filtration Rate (eGFR), cioè la quantità di filtrato glomerulare prodotta nell’unità di tempo (espressa in mL/min/1.73 m2), calcolata con la formula Modification of Diet in Renal Disease (MDRD). Sulla base dell’eGFR i pazienti sono stati suddivisi in cinque gruppi e per ognuno di essi sono state calcolate le frequenze genotipiche dei suddetti polimorfismi citochinici. In base ai risultati dei test di eterogenità basati sul chi quadro ed effettuati sia a livello genotipico sia genico non sembra esistere un genotipico citochinico o un allele maggiormente rappresentato in una determinata categoria di danno renale. Per poter chiarire l’influenza dei polimorfismi citochinici sulla funzionalità renale dopo il trapianto LDK, sono necessarie ulteriori indagini su un campione numericamente più consistente ed un follow up di almeno tre anni.
SUMMARY
In this study we analyzed 71 recipients of living donor kidney transplantation (LDKT) for the distribution of 22 polymorphisms within 13 cytokine genes. The genotype frequencies were determined for the cytokine genes IL-1α -889C/T, IL-1β -511C/T and +3962T/C, tumor necrosis factor (TNF)-α -308G/A and -238G/A, IL-2 -330T/G and +166G/T, IL-4 -1098T/G, -590T/C and -33T/C, IL-6 -174G/C and +565G/A, IL-10 -1082G/A, -819C/T and -592C/A, IL-12 -1188C/A, IL-1RA mspa1 11100T/C, interferon (IFN)-γ +874A/T, transforming growth factor (TGF)-β1 +869C/T (codon 10) and +915G/C (codon) 25, IL-1R pst1 1970C/T and IL-4Rα +1902G/A. All typings were performed by PCR-SSP assays. In order to test Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), observed and expected frequencies of various genotypes were compared using the X2 test. This test was also used to compare genotype frequencies of the LDKT recipients with healthy Italian subjects (n=140). Four single nucleotide polymorphisms (SNPs) (TGF-β1 cdn 25, TNF-α 238, IL-4 -1098 e IL-4 -33) were not in HW equilibrium and the genotype frequencies of the polymorphisms TGF-β1 cdn 25, TNF-α -238, IL-4 -33 and IL-6 -174 were significantly different compared with those of healthy Italian population. In order to investigate cytokine polymorphisms influence on renal function in the post transplant period, we collected serum creatinine values at 1 year after LDKT for each patient and calculated the glomerular filtration rate (eGFR) (expressed in mL/min/1.73 m2) by modification of diet in renal disease (MDRD) equation. The sample was divided into 5 groups according to the level of renal impairment (based on eGFR). Heterogeneity tests (based on X2 test), both at allele and genotype levels, were performed to compare the 5 groups. No significant differences were found, i.e. no cytokine polymorphisms showed statistically significant association with a particular eGFR group. Further analysis on larger datasets and longer follow up will be needed to clarify the role of cytokine gene polymorphism in the prediction of renal function after LDKT.
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