• acquaponica
• SIMTAP
• diversità batterica
• PCR-DGGE
• nitrificazione
• batteri nitrificanti
• aquaponic
• bacterial diversity
• nitrification
• nitrifying bacteria

Lo scopo della presente tesi è stato quello di analizzare la dinamica della comunità batterica presente nella soluzione di un sistema acquaponico marino, integrato, multi-trofico e autosufficiente (SIMTAP). Dopo l’aggiunta di uno starter, a partire dai campioni di soluzione in ingresso e uscita al biofiltro sono state effettuate l’estrazione del DNA, l’amplificazione delle regioni variabili v3-v5 del 16S rDNA e la separazione DGGE. I profili ottenuti sono stati analizzati attraverso metodi di hierarchical clustering e mediante la determinazione degli indici di biodiversità. I frammenti principali sono stati excisi e sequenziati per identificare le principali specie microbiche presenti.
Dai risultati dell’analisi clustering e degli indici di biodiversità è possibile evidenziare come l’aggiunta dello starter abbia provocato un cambiamento della comunità batterica, portando alla formazione di una comunità più complessa che si differenzia significativamente nella soluzione in ingresso da quella in uscita del biofiltro e nelle diverse epoche di prelievo. La complessa interazione tra il microbiota del biofiltro e l’efficienza della nitrificazione è evidenziata dalla stretta relazione tra gli indici Richness, Shannon e Simpson e l’aumento di ammonio e nitrito nel sistema. L’analisi delle sequenze ha permesso di identificare come dominanti i phyla Bacteroidetes (Flavobacteriales e Cytophagales) Chloroflexi, Proteobacteria (Burkolderiales, Rhodobacterales), Firmicutes (Bacillales).