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Circa il 5-20% dei test genetici rileva nei geni BRCA varianti di significato clinico incerto (VUS), alterazioni di sequenza per le quali è necessario approfondire lo studio al fine di stimarne il rischio di cancro che conferiscono agli individui che ne sono carriers. Alla categoria delle VUS appartiene la variante IVS11+1g>a (rs80358178) di BRCA1, oggetto di indagine del presente lavoro di tesi, che cade nel sito donatore dell’esone 11 del gene ed incide sullo splicing alternativo di quest’ultimo e sulla produzione delle isoforme alternative ∆11q, con una parziale delezione dell’esone e ∆11, caratterizzata dallo skipping completo dello stesso. Oggetto di studio del lavoro sono anche gli SNPs rs5820483 ed rs455055 per i quali è stato proposto un possibile ruolo in qualità di modificatori della penetranza della variante stessa. Il progetto si pone tre obiettivi: 1) testare una possibile associazione tra i diplotipi dei tre loci in analisi ed i fenotipi osservati, 2) valutare una possibile associazione tra i diplotipi e l’espressione delle isoforme full-length, ∆11q e ∆11 di BRCA1, 3) valutare un possibile effetto del fondatore nella casistica in esame per la variante IVS11+1g>a (rs80358178) del gene.
Lo studio è stato articolato in tre fasi. Nella prima sono stati inclusi 54 individui, di cui 40 carriers in eterozigosi della variante IVS11+1g>a (rs80358178) di BRCA1 e 14 wild-type, tutti tipizzati per gli SNPs rs5820483 ed rs455055. Definita la fase gametica dei tre loci oggetto di indagine, è stata osservata una possibile associazione statisticamente non significativa tra l’allele minore (dupAGG) dello SNP rs5820483 e la presenza di “tumore dell’ovaio” nei carriers.
Per il secondo obiettivo, è stata effettuata un’analisi semiquantitativa in RT-PCR dei trascritti full-length, ∆11q e ∆11 di BRCA1 in 21 individui, dei quali 14 carriers in eterozigosi della variante IVS11+1g>a (rs80358178) di BRCA1 e 7 wild-type. La metodica utilizzata non ha permesso di rilevare nessuna differenza sostanziale nell’espressione delle tre isoforme oggetto di studio tra soggetti con diplotipi diversi ma ha consentito di constatare che, in generale e come atteso, individui carriers della variante IVS11+1g>a (rs80358178) di BRCA1 esprimono maggiormente l’isoforma ∆11q del gene rispetto alla full-length.
Terzo ed ultimo scopo del lavoro è stato quello di valutare un possibile effetto del fondatore per la variante IVS11+1g>a (rs80358178) di BRCA1 mediante il metodo di Marroni et al. (2008) con alcune modifiche. L’analisi è stata condotta su 27 individui, apparentemente indipendenti e carriers in eterozigosi della variante in esame. Tutti i soggetti sono stati tipizzati per più di 500.000 markers mediante tecnologia Illumina Infinium Oncoarray, ma per la presente indagine è stata selezionata una regione del cromosoma 17, intorno al gene BRCA1, contenente 4130 SNPs. Una volta dedotta la fase gametica dei markers contenuti al suo interno mediante software online SHAPEIT, ognuno degli individui inclusi nell’analisi è stato confrontato con tutti gli altri portatori della variante al fine di rilevare, per ciascuna coppia di soggetti confrontati, la lunghezza in cM dell’aplotipo comune che essi condividono intorno a BRCA1. Quest’ultima è stata convertita nel numero di generazioni che separa ogni coppia di portatori della variante dall’antenato comune più recente (most recent common ancestor) e la matrice di distanza in generazioni risultante è stata sottoposta ad UPGMA clustering. Dall’analisi è emerso che tutti gli individui condividono un segmento aplotipico comune, più o meno lungo, intorno al gene BRCA1, pertanto l’effetto del fondatore per la variante IVS11+1g>a (rs80358178) di BRCA1 è stato confermato. È stato possibile risalire ad un antenato comune vissuto circa 155 generazioni fa.