• flap
• Pin1
• potenziali inibitori
• procedura validata
• virtual screening

Il presente lavoro di tesi è stato incentrato sulla ricerca di nuovi potenziali inibitori dell’enzima Pin1, allo scopo di mettere a punto una procedura di Virtual Screening rapida, che permettesse di filtrare il maggior numero di molecole all’interno di un database commerciale, ma che allo stesso tempo fosse in grado di mantenere un numero ragionevole di ottimi candidati, potenziali lead, da poter ulteriormente filtrare.
Per fare ciò ho usato come strumento principale il software FLAP (Fingerprints for Ligands And Proteins), che rappresenta una procedura computazionale innovativa capace di esplorare lo spazio farmacoforico 3D di ligandi e proteine. Innanzitutto ho acquisito i dati relativi all’enzima Pin1 e relativi inibitori presenti in letteratura, selezionando i più interessanti e utilizzando le loro strutture cristallografiche; ho calibrato tutti gli approcci di screening finalizzati alla ricerca di nuovi inibitori, Ligand-Based, Structure-Based e Pharmacophore-Based, con il database MUV; infine ho eseguito lo screening del database commerciale Enamine, contenente oltre 1.500.000 molecole, utilizzando la procedura risultata migliore nella precedente validazione.
Tale procedura, che utilizza un approccio di tipo Ligand-Based, ha permesso di ridurre un database da 25.681 ad appena 2.093 molecole, tutti validi potenziali inibitori dell’enzima Pin1.
In prospettiva futura questo piccolo database di molecole potrà essere ulteriormente processato, grazie a studi di docking e meccanica molecolare, con procedure che dovranno comunque essere precedentemente validate, mentre la procedura messa a punto potrà essere riutilizzata per lo screening di altri database commerciali.