• algoritmo
• analisi di stringhe
• ATRHunter
• DNA
• Tandem Repeats
• TRF

Le sequenze di DNA sono soggette ad una serie di mutazioni genetiche,
ossia a modificazioni stabili del materiale genetico, che modificano il
genotipo, quindi la costituzione genetica di un individuo e possono
eventualmente modificare il fenotipo, vale a dire la manifestazione
fisica dell’organismo. Le cause di queste mutazioni sono da ricercarsi
anche nella presenza all’interno della sequenza genomica di Tandem
Repeats (TRs).
Si definiscono Tandem Repeats sequenze di due o pi`u nucleotidi, indicate
come pattern, che si trovano ripetute in una sequenza in una
o pi`u copie contigue. Oltre ad essere implicati in molti meccanismi
di regolazione molecolare ed essere tra le cause di diverse malattie,
i TRs sono utilizzati in molte applicazioni genetiche (analitiche o di
laboratorio) finalizzate all’analisi e al confronto tra campioni di DNA.
Il problema pi`u importante che si incontra nello studio di queste ripetizioni
sta nel fatto che `e difficile individuarle all’interno della sequenza
genomica ed `e dunque poco realizzabile una loro descrizione esaustiva
in termini, ad esempio, di lunghezza del pattern e numero di copie
ripetute.
L’algoritmo TRStalker, oggetto di studio di questo lavoro, `e un algoritmo
euristico per la ricerca dei TRs in sequenze di DNA che,
rispetto ai tools esistenti (ad esempio, TRF o ATRHunter), si basa
su definizioni diverse di distanza tra i probes cercati, periodo del TR
e threshold sulla base della quale una sottostringa `e considerata un
possibile TR.