• docking
• Fragment-Based
• misfolding
• retinite pigmentosa
• Rodopsina
• virtual screening
• wild type

La retinite pigmentosa è una patologia genetica neurodegenerativa della la retina, in cui circa 150 mutazioni riguardano il gene che codifica per la rodopsina; in molte forme della patologia dovute a difetti della rodopsina, si ritiene che la mutazione causi misfolding.
In questo lavoro tesi sono stati ricercati potenziali composti di natura non retinoide, in grado di stabilizzare la rodopsina wild type, in modo poi da poterli saggiare successivamente anche su rodopsine mutate.
Per identificare nuovi composti è stato utilizzato un protocollo di virtual screening, basato su un modello farmacoforico ottenuto dall'analisi di un composto dalla nota azione stabilizzante la rodopsina; le 108﮲857 molecole ottenute, sono state filtrate attraverso l'esecuzione di docking e un'analisi di consensus,ottenendo alla fine 21 composti da filtrare ulteriormente attraverso simulazioni di dinamica molecolare.
Successivamente è stata creata una mappa farmacoforica fragment-based del sito attivo della rodopsina, attraverso l'esecuzione di simulazioni di dinamica molecolare di sette molecole (acetato, ammonio, benzene, ciclopropano, formaldeide, metanolo, metilammina), precedentemente dockate in tutto lo spazio del sito attivo; con questa procedura sono state individuate le regioni del sito attivo in cui ogni frammento instaura le interazioni più durature e quindi più stabili.
Infine è stato messo a punto un protocollo di recupero della rodopsina da retine suine, che è stato valutato grazie a delle letture spettrofotometriche a lunghezze d'onda comprese tra 350 e 750nm, ricercando i picchi caratteristici della proteina a 400 e 500nm.