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Tesi etd-03282008-170036


Thesis type
Tesi di laurea vecchio ordinamento
Author
DONATI, ANDREA
URN
etd-03282008-170036
Title
Sequenze ripetute nel genoma di girasole: trasposoni e LINE (Long Interspersed Elements)
Struttura
AGRARIA
Corso di studi
SCIENZE E TECNOLOGIE AGRARIE
Commissione
Relatore Prof. Cavallini, Andrea
Parole chiave
  • LINE
  • trasposoni
  • genoma
  • girasole
Data inizio appello
14/04/2008;
Consultabilità
completa
Riassunto analitico
Sequenze ripetute nel genoma di girasole: trasposoni e LINE (Long Interspersed Elements)<br><br>La conoscenza della composizione della componente ripetitiva del genoma ha una duplice importanza sia dal punto di vista teorico che applicativo, per migliorare le strategie nella mappatura del genoma e al fine di scoprire nuovi markers molecolari. Inoltre, una conoscenza accurata del genoma è indispensabile per iniziare un processo di sequenziamento rivolto sia alle ESTs (Expressed Sequence Tags) che alle regioni genomiche. <br>Presso la Sezione di Genetica del Dipartimento di Biologia delle Piante Agrarie da molti anni si studia la composizione del genoma delle piante, con particolare riferimento al girasole. <br>Questa tesi di laurea si inquadra in questa linea di ricerca, prendendo in esame alcune famiglie di DNA ripetitivo che di solito nelle piante sono poco rappresentate e che risultano quindi poco studiate; in particolar modo mi sono soffermato su due tipologie di elementi trasponibili: i trasposoni e i LINEs. <br>I trasposoni sono elementi trasponibili di classe II e si spostano nel genoma attraverso un intermedio a DNA secondo un modello conservativo “cut &amp; paste” (“taglia e incolla”) grazie all’attività dell’enzima trasposasi da essi codificato, che riconosce univocamente brevi sequenze TIR (Terminal Inverted Repeats).<br>I cosiddetti LINEs (Long INterspersed Elements), invece, sono elementi di classe I, che si spostano mediante retrotrascrizione di un intermedio di RNA utilizzando enzimi codificati dall’elemento; sono ritenuti il più antico gruppo di retrotrasposoni. <br>Nel corso della tesi sono state identificate, analizzando una library di piccoli inserti di DNA genomico di girasole, tre sequenze, corrispondenti a due trasposoni e ad un LINE. Queste sequenze sono state analizzate in riferimento a sequenze similari di altre specie vegetali ed è stato valutato il numero di copie in girasole ed in altre specie del genere Helianthus. Si è infine studiata l’espressione di queste sequenze mediante RT-PCR: sia i trasposoni che il LINE sono risultate espresse costitutivamente, sia in tessuti adulti (foglie) che in tessuti embrionali.<br>
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