• genotipizzazione
• marcatori molecolari
• vite

La Vitis Vinifera è tra le più importanti colture al livello mondiale, sia dal punto di vista commerciale che culturale. A livello nazionale la Toscana è una delle regioni con maggiore produzione ed esportazione di vini. Negli ultimi anni la caratterizzazione e conservazione dei vitigni autoctoni, al fine di preservare la biodiversità, è divenuto un argomento di crescente importanza. In viticoltura lo studio della pianta sia dal punto di vista fenotipico che genotipico viene effettuata tramite l’ampelologia,la quale dunque comprende analisi biomolecolari sul genotipo effettuate con marcatori molecolari presenti nel DNA. Questi sono specifiche regioni (locus) che permettono di distinguere anche individui genotipicamente simili e fenotipicamente indistinguibili. I marcatori molecolari che sono stati utilizzati nell’ambito di questo lavoro sono i microsatelliti (Simple Sequence Repeats, SSR) e i polimorfismi a singolo nucleotide (Single Nucleotide Polymorphism, SNP). Per l’identificazione varietale, il DNA è stato analizzato attraverso l’ amplificazione (PCR) di 14 loci microsatelliti nucleari e, al fine di ottenere una maggiore rilevanza dal punto di vista statistico per un confronto più ampio, abbiamo effettuato anche l’estensione del profilo microsatellite attraverso l’amplificazione di ulteriori 10 loci nucleari.
Recentemente, in seguito al risequenziamento di alcune accessioni di Vitis sp., sono stati selezionati 15000 SNPs significativi per Vitis vinifera e circa altri 5000 SNPs per Vitis non-vinifera, i quali sono stati utilizzati da Illumina (GrapeReSeq Consortium) per la costruzione del macroarray“Vitis vinifera Illumina Infinium 20K chip”. Più di 500 chips sono stati acquistati nell’ambito dei progetti Ager e IMVITO, 184 dei quali sono stati utilizzati nella presente ricerca al fine di caratterizzare il genotipo delle principali varietà toscane. In particolare sono state scelte 95 Vitis vinifera subsp. sativa, 40 Vitis vinifera subsp. sylvestris accessions, 4 Vitis sp. e 3 specie no Vitis appartenenti alla famiglia delle Vitaceae. 625 SNPs dei 18071 analizzati (3.46%) sono falliti in tutte le varietà: la percentuale di fallimento degli SNPs varia dal 20% all’80% nelle specie no Vitis, più distanti filogeneticamente dalle specie Vitis, mentre si aggira intorno al 10% nelle specie Vitis e all’1% nelle Vitis vinifera. Il fallimento degli SNPs dipende sia dalla qualità del DNA che dal genotipo della varietà. Il confronto dei risultati ottenuti dagli SNPs e dal profilo microsatellite ha evidenziato quanto i primi siano più specifici e diano un profilo migliore al fine del riconoscimento varietale.