• 18S rRNA
• ciliates
• ciliophora
• ITS
• Pistoia
• Spirostomum

Durante il mio internato di tesi presso il Laboratorio di Zoologia/Antropologia ho preso parte ad un ampio progetto di ricerca che si propone di caratterizzare popolazioni di protisti ciliati dulciacquicoli seguendo due diversi approcci: un primo approccio combinato morfologico/molecolare ed uno totalmente molecolare. Ho partecipato a due dei tre campionamenti effettuati in diversi ambienti (sia antropizzati che naturali) della Provincia di Pistoia e cooperato alle analisi effettuate nell’ambito del primo approccio: check morfologico in vivo degli organismi per ogni campione, messa in coltura di popolazioni e successiva caratterizzazione molecolare. È stata compilata una prima check-list dei ciliati dulciacquicoli della provincia di Pistoia e sono stati evidenziati i taxa più abbondanti e quelli più rari. L’osservazione dei campioni mantenuti in laboratorio in condizioni differenti, ripetuta a intervalli di tempo regolari, ha permesso di rivelare un’importante frazione di biodiversità “elusiva”, usualmente non rilevabile a pochi giorni dal campionamento. La strategia di dividere il campione in aliquote e di arricchirle in periodi diversi, ha permesso di individuare anche i taxa competitivamente svantaggiati, che solitamente scompaiono nei campioni arricchiti immediatamente dopo il campionamento.
Dalle colture isolate dai suddetti campionamenti e mantenute in laboratorio è stata selezionata una popolazione di ciliati appartenente al genere Spirostomum, dalla quale è partito uno studio derivato in cui sono confluite le popolazioni in coltura di Spirostomum già presenti in laboratorio, provenienti sia da ambienti dulciacquicoli che salmastri. Durante l’estate e l’autunno 2013 si sono aggiunte ulteriori popolazioni isolate da campionamenti provenienti da tutto il mondo.
Lo scopo dello studio è la caratterizzazione sia morfologica che molecolare di popolazioni di Spirostomum campionate da ambienti sia dulciacquicoli che salmastri. Nell’ambito di questo studio mi sono occupata delle analisi molecolari, con lo scopo di fornire una revisione filogenetica del genere Spirostomum e fornire informazioni addizionali alla caratterizzazione morfologica per poter definire eventuali nuove specie o specie criptiche.
Le popolazioni sono state mantenute in condizioni standard in laboratorio per poi essere sottoposte alle analisi molecolari e filogenetiche. Da ogni popolazione le cellule sono state isolate e fissate in etanolo per la successiva estrazione di DNA genomico. La caratterizzazione molecolare è stata effettuata tramite PCR e sequenziamento diretto dei seguenti marcatori molecolari: il gene codificante per l’SSU rRNA e la regione ITS1-5.8S-ITS2-28S. Le sequenze ottenute sono state comparate con sequenze omologhe depositate nelle banche-dati (GenBank) tramite BLAST e processate con i software di analisi filogenetica ARB e Mr.Bayes.
La maggior parte delle popolazioni analizzate sono risultate morfologicamente ascrivibili alle specie Spirostomum minus, S. teres e S. ambiguum. Quattro popolazioni sono state identificate come S. yagiui ed una popolazione come S. dharwarensis; entrambe le morfospecie sono state caratterizzate molecolarmente per la prima volta. Le analisi filogenetiche confermano la monofilia del genere Spirostomum. 
S. teres mostra un alto livello di variabilità intraspecifica a livello molecolare e le popolazioni provenienti da ambienti salmastri di aree geografiche lontane sembrano condividere un antenato comune recente. Le popolazioni morfologicamente identificate come S. minus si raggruppano in gruppi distinti suggerendo quindi la presenza di possibili specie criptiche.
Due delle popolazioni analizzate si differenziano sia morfologicamente che molecolarmente dalle altre e sono state riconosciute come nuova specie: Spirostomum subtilis sp. n.