Tesi etd-03132019-160840 |
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Tipo di tesi
Tesi di laurea magistrale
Autore
MULE, CHIARA
URN
etd-03132019-160840
Titolo
Studio della ploidia del carcinoma midollare della tiroide: analisi in silico e validazione mediante Multiple Ligation-dependent Probe Amplification
Dipartimento
BIOLOGIA
Corso di studi
BIOLOGIA MOLECOLARE E CELLULARE
Relatori
relatore Prof.ssa Elisei, Rossella
relatore Dott.ssa Romei, Cristina
correlatore Prof. Landi, Stefano
relatore Dott.ssa Romei, Cristina
correlatore Prof. Landi, Stefano
Parole chiave
- Carcinoma midollare della tiroide
- CNV
- MLPA
- RET
Data inizio appello
08/04/2019
Consultabilità
Non consultabile
Data di rilascio
08/04/2089
Riassunto
Il carcinoma midollare della tiroide (MTC) si presenta in forma sporadica (75% dei casi) e familiare (25% dei casi). Mutazioni somatiche di RET si ritrovano in circa il 50% dei casi sporadici. Il 20% dei casi sporadici che possono anche presentare mutazioni somatiche di H-, K- RAS. L’MTC sporadico mostra anche instabilità genomica e amplificazione di RET. L’obiettivo di questa tesi è stato quello di valutare il “Copy Number Variation” (CNV) di RET tramite e di correlare questo dato con il profilo di mutazioni e l’espressione di RET.
Lo studio è stato eseguito in 175 casi di MTC precedentemente caratterizzati per la presenza di mutazioni somatiche con un approccio NGS (IONS5). Applicando il software ION Reporter abbiamo calcolato le CNV di RET ed abbiamo individuato 7 casi aploidi, 127 casi diploidi e 41 casi amplificati. Dei 175 tumori analizzati, 29 sono stati studiati anche con MLPA che ha confermato i dati in silico in 23/29 casi. La correlazione tra i valori di CNV e il profilo di mutazioni ha evidenziato che nel gruppo dei casi con mutazione somatica i tumori con alterazione del CNV (n= 45, 31.7%) erano più frequenti rispetto a quelli del gruppo dei non mutati (n=3, 9%) (p=0.029). Abbiamo infine misurato il valore di espressione di RET ed abbiamo osservato che i campioni aploidi avevano livelli di mRNA di RET maggiori rispetto ai casi diploidi ed a quelli amplificati. Tale differenza non era statisticamente significativa. L’espressione dell’mRNA di RET risultava invece maggiore nei casi mutati per RET rispetto a quelli mutati per Ras ed a quelli non mutati (p=0.0041).
I dati finora ottenuti indicano che il carcinoma midollare della tiroide è un tumore relativamente instabile, in particolare per quanto riguarda RET. Questi dati preliminari suggeriscono che il ruolo oncogenico di RET possa essere supportato non solo da mutazioni, ma anche dalla presenza di un numero alterato di copie.
Lo studio è stato eseguito in 175 casi di MTC precedentemente caratterizzati per la presenza di mutazioni somatiche con un approccio NGS (IONS5). Applicando il software ION Reporter abbiamo calcolato le CNV di RET ed abbiamo individuato 7 casi aploidi, 127 casi diploidi e 41 casi amplificati. Dei 175 tumori analizzati, 29 sono stati studiati anche con MLPA che ha confermato i dati in silico in 23/29 casi. La correlazione tra i valori di CNV e il profilo di mutazioni ha evidenziato che nel gruppo dei casi con mutazione somatica i tumori con alterazione del CNV (n= 45, 31.7%) erano più frequenti rispetto a quelli del gruppo dei non mutati (n=3, 9%) (p=0.029). Abbiamo infine misurato il valore di espressione di RET ed abbiamo osservato che i campioni aploidi avevano livelli di mRNA di RET maggiori rispetto ai casi diploidi ed a quelli amplificati. Tale differenza non era statisticamente significativa. L’espressione dell’mRNA di RET risultava invece maggiore nei casi mutati per RET rispetto a quelli mutati per Ras ed a quelli non mutati (p=0.0041).
I dati finora ottenuti indicano che il carcinoma midollare della tiroide è un tumore relativamente instabile, in particolare per quanto riguarda RET. Questi dati preliminari suggeriscono che il ruolo oncogenico di RET possa essere supportato non solo da mutazioni, ma anche dalla presenza di un numero alterato di copie.
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