• analysis
• genetic
• olive
• variability
• varieties

Nonostante l’importanza dell’olivo (Olea europaea subsp. europaea, var. europaea), ad oggi sono relativamente limitate le risorse genomiche. Questa tesi ha avuto l’obbiettivo di analizzare la componente ripetuta presente nei genomi di dieci varietà di Olea europaea subsp. europaea. In particolare, le varietà Canino, Coratina, Dolce–Agogia, Leccino, Koroneiki, Arbequina, Picual, Oliviere, Mari e B-Nepal. Dopo le analisi preliminari di controllo qualità, le sequenze genomiche di ciascuna varietà sono state analizzate tramite il software RepeatExplorer2 che, mediante un processo di clustering ha permesso di stimare l’abbondanza e la variabilità della componente ripetuta. In media, il DNA ripetuto rappresenta circa il 60,3% del genoma delle varietà analizzate. Il processo di annotazione ha fornito, inoltre, una classificazione degli elementi ripetuti a livello di superfamily e lineage. Successivamente, è stata effettuata un’analisi di variabilità intraspecifica e le library paired-end dei dieci genotipi sono state mappate contro la library di tandem repeat per verificarne l’abbondanza. I risultati del mappaggio hanno mostrato inoltre una certa variabilità intraspecifica relativa all’abbondanza delle singole sequenze e famiglie di tandem repeat. In conclusione, la peculiare struttura del genoma di Olea europaea, ricca di DNA ripetuto in tandem, si ritrova non solo in Leccino ma anche in tutte le altre varietà analizzate.