• domini di legame
• interazioni proteiche

La famiglia delle Protein chinasi D (PKD) è composta da 3 isoforme: PKD1, PKD2, PKD3. Sono tutte serina/treonina chinasi regolate dalla via di trasduzione del segnale del diacilglicerolo e coinvolte in meccanismi di sopravvivenza cellulare, proliferazione e invasione cellulare. Inoltre sono implicate nel trasporto delle proteine dal Golgi alla membrana plasmatica (trans Golgi network). Tale trasporto prevede la formazione di vescicole ed è regolato in maniera isoforma specifica, in quanto ogni isoforma determina il traffico di un gruppo specifico di proteine. In particolare, PKD1 oltre a regolare il trasporto proteico dal Golgi, è importante per altre funzioni cellulari, tra cui: vie di segnale da recettori di membrana, protezione dallo stress ossidativo nei mitocondri, regolazione della forma cellulare, motilità e adesione.
Una delle principali differenze tra le tre isofome di PKD è localizzata al C-terminale delle proteine: PKD1 e PKD2 presentano un potenziale motivo di riconoscimento per domini di legame di tipo “PDZ”, mentre PKD3 non presenta tale motivo.
Kidins220 (kinase D-interacting substrate of 220 kDa) è uno dei substrati di PKD1, identificato per la prima volta in cellule di feocromocitoma di ratto (PC12). PKD1 non solo è implicata nella sua fosforilazione, ma anche nella sua corretta localizzazione a livello della membrana citoplasmatica. Dati in letteratura suggeriscono che l’interazione tra Kidins220 e PKD1 possa essere mediata da un’altra proteina contenente un dominio PDZ.
Obiettivo del mio lavoro di tesi è stato verificare che il mediatore dell’interazione tra queste due proteine sia una proteina con due domini PDZ, che in un precedente studio del nostro laboratorio è stata identificata come interattore diretto di Kidins220: PDZRN3 (Ring PDZ containing protein 3). Lo studio si è basato prevalentemente sull’analisi di proteine ricombinanti attraverso esperimenti di Pull-Down e Co-Immunoprecipitazione utilizzando come modello cellule umane in coltura.