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I funghi micorrizici arbuscolari (AMF) sono simbionti radicali estremamente diffusi. Questi microrganismi, appartenenti al Phylum dei Glomeromycota, sono in grado d’instaurare una relazione simbiotica con circa 250.000 specie vegetali, tra cui la maggior parte delle piante di interesse agrario, apportando loro innumerevoli benefici, favorendone la crescita e la produttività.
Uno dei più validi sistemi di analisi molecolare fingerprinting cultura indipendente, molto usato in ecologia microbica per lo studio della biodiversità, è la PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction - Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Tuttavia i lavori in cui questa tecnica viene utilizzata per lo studio delle comunità degli AMF non sono numerosi: la maggior parte di questi sono stati condotti su campioni di suolo, pochi su radici di piante erbacee, nessuno su radici di piante legnose. Lo scopo di questa tesi è stato la messa a punto della tecnica PCR-DGGE per lo studio delle comunità fungine micorriziche arbuscolari in piante legnose da frutto, le quali rivestono una particolare importanza a livello economico nel panorama italiano. Tale lavoro ha visto l’utilizzo di campioni radicali di melo, Malus domestica, per la delineazione dei parametri operativi da utilizzare per tale metodologia, e di campioni radicali di olivo, Olea europea L., per la loro validazione.
La messa a punto è stata effettuata mediante il confronto di due metodi di estrazione del DNA dalle radici, l’utilizzo di diverse DNA-polimerasi e coppie di primers per l’amplificazione PCR e l’ottimizzazione delle condizioni di separazione degli ampliconi in gel di poliacrilammide in gradiente denaturante. La tecnica ottimizzata è stata utilizzata per analizzare la struttura delle comunità micorriziche relative a campioni radicali di melo situati in due diverse zone geografiche (Terlano e Lagundo) e sottoposti a gestione agronomica diversa (biologica, biodinamica e integrata) e a campioni radicali di piante di olivo sottoposti a tecniche di gestione del suolo diverse (lavorato e inerbito) e prelevati a due profondità (30 cm e 60 cm). I profili PCR-DGGE sono stati elaborati sia mediante la determinazione degli indici di biodiversità (Richness, Richness di Margalef, Evenness di Pielou, Shannon-Weaver e Simpson), sia mediante analisi statistiche multivariate, di hierarchical clustering (Unweighted Pair Group Method Using Arithmetic Average, UPGMA) e di ordinamento (Non-metric MultiDimensional Scaling, NMDS). I risultati ottenuti hanno permesso di evidenziare differenze statisticamente significative tra le comunità fungine presenti in zone geografiche distinte e sottoposte a tecniche di gestione del suolo diverse. Tali risultati suggeriscono che la tecnica PCR-DGGE così ottimizzata sia uno strumento valido per lo studio della biodiversità delle popolazioni di AMF nelle radici di piante legnose da frutto.