• Helianthus
• componente ripetitiva del genoma

Gli elementi trasponibili del genoma degli eucarioti giocano un ruolo di primo piano nell'evoluzione delle specie, la mobilizzazione di questi elementi può infatti provocare cambiamenti nei pathway di regolazione dei geni e contribuire al riarrangiamento cromosomico. In tempi recenti, il genere Helianthus è diventato un modello per lo studio della speciazione e dell’adattamento, ma la conoscenza circa la variabilità degli elementi trasponibili nei genomi delle specie che appartengono a questo genere è, ad oggi, ancora limitata. Utilizzando tecniche di sequenziamento di nuova generazione, abbinate a tecniche per la caratterizzazione “de novo” della frazione ripetuta del genoma, è stato possibile indagare sulla variabilità della componente ripetitiva del genoma di 11 specie e di una sottospecie appartenenti a tre differenti sezioni del genere Helianthus. Utilizzando il software RepeatExplorer (Novak et al., 2010) è stata effettuata una prima analisi sulla variabilità inter-specifica di tali sequenze all’interno dei genomi delle singole specie ed in seguito, una analisi comparativa, ha permesso di identificarne la variabilità inter-specifica nella sezione Divaricati. Le analisi si sono focalizzate in particolar modo sullo studio dei retrotrasposoni con LTR, che sono stati studiati a livello di superfamiglia, lineage e sublineage e hanno mostrato una considerevole variabilità nell'abbondanza degli elementi ripetuti all'interno del genere. Tra i risultati ottenuti è stato osservato che i retrotrasposoni con LTR costituiscono più della metà dei genomi delle tre sezioni analizzate (72,2% sez. Agrestis, 49,6% sez. Helianthus e 52,9% sez. Divaricati). Tra le superfamiglie individuate, Gypsy è la più abbondante (51,8% sez. Agrestis, 34,3% sez. Helianthus e 37,4% sez. Divaricati), mentre a livello di lineage, Chromovirus, che appartiene alla superfamiglia Gypsy, è la più rappresentata (47,8% sez. Agrestis, 24,6% sez. Helianthus, 28,7% sez. Divaricati). I risultati ottenuti sono stati messi in relazione con il possibile ruolo dei retrotrasposoni nei processi di speciazione all'interno del genere.