• dinamica molecolare
• docking molecolare
• ERp57
• farmacoforo

ERp57 è una proteina della famiglia delle PDI (proteine disolfuro isomerasi) localizzabile nella cellula a livello del reticolo endoplasmatico. Strutturalmente è formata da 4 subunità: a, a’, b, b’ disposte nello spazio in una forma a ferro di cavallo. Essa partecipa a numerose funzioni fisiologiche, fra queste figura il controllo qualità delle glicoproteine di nuova sintesi e il ruolo nel sistema immunitario come parte del complesso multimerico PLC. Livelli anomali di ERp57 sono stati rilevati in un ampio spettro di patologie a carico di differenti sistemi dell’organismo e, inoltre, il ripiegamento di proteine da parte di ERp57 ha per effetto l’agevolazione di alcuni tipi di infezione virale. Il presente lavoro di tesi è stato finalizzato alla creazione di un modello farmacoforico localizzato su una delle subunità catalitiche della proteina mediante uno studio computazionale. L’approccio utilizzato ha previsto la suddivisione del dominio proteico di interesse, ovverosia il sito catalitico e il suo intorno, in 5 zone di dimensioni simili. Alcune piccole molecole, aventi funzione rappresentativa delle principali interazioni ligando-recettore possibili (legami a idrogeno, ponte salino, interazioni idrofobiche) sono state sottoposte a docking in ognuna di queste zone. Tali sonde molecolari utilizzate sono: metanolo, metilammina, ione acetato, ione ammonio, ciclopropano, benzene, formaldeide. Successivamente al docking, è stata eseguita una simulazione di dinamica molecolare (MD) per valutare la stabilità della modalità di legame predetta per ogni frammento all’interno di ognuna delle zone valutate. Dall’analisi della simulazione è stato possibile osservare quali fossero le regioni in cui i legami fra proteina e sonde molecolari risultassero più stabili, nonché la natura stessa delle interazioni più rappresentative. Da tali risultati è stato possibile estrapolare un modello farmacoforico per ERp57, utilizzabile per la ricerca di potenziali ligandi della proteina.