• crown rot
• fungi
• molecular diagnostic methods
• oomycota
• pcr-nucleic acid lateral flow immunoassay
• soil-borne pathogens
• strawberry

Nella coltura della fragola le malattie causate da vari patogeni tellurici, causano importanti perdite produttive. Risulta essenziale quindi disporre di tecniche diagnostiche ad elevata specificità e sensibilità per una corretta identificazione dei vari patogeni e per l’applicazione di appropriate strategie di difesa. Lo scopo del lavoro è stato quello di sviluppare un metodo diagnostico molecolare (PCR-NALFIA multiplex) per l’identificazione simultanea di Macrophomina phaseolina, Verticillium dahliae e Phytophthora cactorum agenti causali di marciumi delle radici e del colletto della fragola.
Sono state effettuate inoculazioni artificiali dei tre patogeni su piante di fragola cv. Aromas. Il DNA è stato estratto dalle piante infette e da quelle di controllo, purificato e concentrato ed è stato amplificato mediante PCR con primer specie specifici marcati all’estremità 5’ con molecole diverse. Gli ampliconi sono stati rilevati sia mediante elettroforesi su gel di agarosio che con un test rapido utilizzando stick a flusso laterale (LFD).
Il saggio PCR-NALFIA ha rilevato M. phaseolina e V. dahliae in esperimenti di PCR e PCR multiplex mentre il patogeno P. cactorum non è stato rilevato. L’elettroforesi su gel di agarosio degli ampliconi non ha fornito alcun risultato positivo. È stata quindi dimostrata la specificità e la sensibilità, in tessuti di fragola infetti, degli LFD a singolo e doppio analita che hanno rilevato la presenza di ampliconi di due dei tre patogeni saggiati.

In strawberry cultivation, diseases caused by various soil-borne pathogens cause important production losses. It is therefore essential to have diagnostic techniques with high specificity and sensitivity for the correct identification of the various pathogens and for the application of appropriate protection strategies. The aim of the work was to develop a molecular diagnostic method (PCR-NALFIA multiplex) for the simultaneous identification of Macrophomina phaseolina, Verticillium dahliae and Phytophthora cactorum causal agents of root and crown rot of strawberry.
Artificial inoculations of the three pathogens were carried out on strawberry plants cv. Aromas. DNA was extracted from infected and control plants, purified, concentrated and amplified by PCR with species-specific primers labeled at the 5' end with different molecules. Amplicons were detected by both agarose gel electrophoresis and a rapid test using lateral flow sticks (LFD).
The PCR-NALFIA assay detected M. phaseolina and V. dahliae in PCR and multiplex PCR experiments while the pathogen P. cactorum was not detected. Agarose gel electrophoresis of the amplicons did not provide any positive results. The specificity and sensitivity, in infected strawberry tissues, of single and double analyte LFDs were therefore demonstrated, which detected the presence of amplicons of two of the three pathogens tested.