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Thesis etd-02022022-095159


Thesis type
Tesi di specializzazione (4 anni)
Author
NARDONE, MARIA
URN
etd-02022022-095159
Thesis title
Impiego del Sistema Anyplex MTB/NTM Real Time Detection per l'identificazione dei micobatteri: esperienza della U.O.C. Analisi Chimico Cliniche del Presidio Ospedaliero di Lucca (Azienda USL Toscana Nord Ovest) nel quinquennio 2016-2020
Department
RICERCA TRASLAZIONALE E DELLE NUOVE TECNOLOGIE IN MEDICINA E CHIRURGIA
Course of study
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA (non medici)
Supervisors
relatore Prof.ssa Rindi, Laura
Keywords
  • Mycobacterium tuberculosis
  • micobatteri non tubercolari
  • diagnosi molecolare
  • Anyplex MTB/NTM
Graduation session start date
18/02/2022
Availability
Withheld
Release date
18/02/2062
Summary
La tubercolosi (TB) è una malattia infettiva contagiosa che può colpire qualsiasi distretto dell’organismo, la cui forma più importante è quella polmonare. Il principale agente eziologico della TB è Mycobacterium tuberculosis, ad esso si aggiungono gli altri membri del M. tuberculosis complex fra i quali i più frequentemente coinvolti sono Mycobacterium bovis e Mycobacterium africanum.
Il termine micobatteriosi abbraccia tutte le patologie micobatteriche con l’esclusione di quelle dovute a M. tuberculosis complex e a Mycobacterium leprae. Fra i micobatteri non tubercolari (NTM, in inglese) si distinguono oltre 190 specie normalmente presenti nell’ambiente (suolo ed acque); alcune di esse possono essere responsabili di patologie umane in presenza di fattori predisponenti. Le più comuni sono le patologie respiratorie, meno frequenti sono quelle linfonodali, cutanee, osteo-articolari e disseminate.
La diagnostica microbiologica della tubercolosi e delle micobatteriosi ha molti aspetti comuni quali l'esame microscopico per la ricerca di bacilli alcol-acido resistenti e l'esame colturale che viene effettuato sugli stessi terreni. L'esame microscopico può essere fatto rapidamente sul campione ma è poco sensibile, l'esame colturale è molto sensibile ma richiede tempi molto lunghi a causa della lenta crescita dei micobatteri. Per questo il laboratorio fa ricorso a metodi di amplificazione genica che sono più sensibili e specifici dell'esame microscopico e possono essere eseguiti in tempi brevi direttamente sul campione clinico.
Questo studio analizza l'esperienza di 5 anni (2016-2020) della batteriologia del laboratorio dell'ospedale San Luca di Lucca, che ha come bacino di utenza Lucca, Versilia e Massa, con il sistema di amplificazione genica Anyplex MTB/NTM Real Time Detection che consente l'dentificazione di M. tuberculosis complex e contemporaneamente quella dei micobatteri non tubercolari (NTM).
Nel periodo 2016-2020 sono stati eseguiti 10.197 esami colturali per la ricerca di micobatteri, dall’esame colturale sono stati identificati sia micobatteri tubercolari (MTC) che NTM. Le specie di NTM identificate nei campioni coltuarali sono state le seguenti: M. abscessus, M. avium complex, M. bovis BCG, M. celatum, M. chelonae, M. fortuitum complex, M. genavense, M. gordonae, M. intracellulare, M. kansasii, M. lentiflavus, M. marinum, M. mucogenicum. Su 6.387 dei 10.197 campioni è stato richiesto, oltre che l’indagine colturale e la relativa microscopia, anche il test molecolare. I campioni erano sia di origine polmonare che extrapolmonare. Sui 6.387 campioni in questione gli isolamenti di micobatteri sono stati in totale 569: 442 MTC e 127 NTM.
Lo studio mette in evidenza questi aspetti: la sensibilità del sistema Anyplex è molto bassa per la rilevazione dei micobatteri non tubercolari (20% per i campioni polmonari e 33% per i campioni extrapolmonari), la sensibilità del test nel caso di ricerca di MTC si attesta intorno al 70% (73% per i campioni polmonari e 69% per i campioni extrapolmonari), la specificità del test è molto alta, praticamente del 100% sia per MTC che per NTM identificati in campioni polmonari ed extrapolmonari.
Nonostante la sensibilità non ottimale, Anyplex si dimostra utile per molti motivi: costi inferiori per singolo test, discriminazione rapida tra MTC ed NTM, sia da campione diretto che da coltura positiva, possibilità di operare immediatamente il successivo step di analisi molecolare delle resistenze a partire dall’estratto del DNA del campione positivo.
Infine con il sistema Anyplex è possibile raggruppare più campioni in un unico test: questo può essere utile in un laboratorio come quello dello studio in oggetto a cui pervengono ogni giorno da 5 a 10 campioni da analizzare in PCR, la maggior parte dei quali non provengono da setting ad altra prevalenza di TB.
L’affiancamento al test Anyplex di un test più rapido in casi attenzionati dal clinico è comunque consigliabile per permettere al laboratorio di espletare al meglio l’attività di diagnosi di TB e di micobatteriosi.






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