Tesi etd-02012015-175835 |
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Tipo di tesi
Tesi di laurea magistrale
Autore
SCOPELLITI, CLAUDIA
URN
etd-02012015-175835
Titolo
Allele-Specific Gene Expression di polimorfismi associati al carcinoma tiroideo differenziato
Dipartimento
BIOLOGIA
Corso di studi
BIOLOGIA MOLECOLARE E CELLULARE
Relatori
relatore Prof.ssa Gemignani, Federica
Parole chiave
- carcinoma tiroideo differenziato
- DTC
- gene expression
Data inizio appello
02/03/2015
Consultabilità
Completa
Riassunto
Il carcinoma tiroideo rappresenta una delle neoplasie che interessano il sistema endocrino. La forma più comune di tumore della tiroide si manifesta a carico delle cellule follicolari che producono la maggioranza degli ormoni tiroidei, questa viene classificata come carcinoma tiroideo differenziato (DTC) di cui i sottotipi sono il papillare (75%), il follicolare (10%), il carcinoma a cellule di Hürtle (5%) ed i carcinomi scarsamente differenziati (1-6%). Vi sono poi forme tumorali a carico delle cellule parafollicolari dette carcinoma midollare della tiroide (meno del 5% dei casi).
Il DTC è una patologia complessa, causata da fattori di rischio genetici ed ambientali. Per individuare possibili polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) coinvolti nell’eziologia del DTC, sono stati effettuati studi di associazione sull’intero genoma (GWAS) che hanno portato all’identificazione di una forte relazione con SNPs dei geni DIRC3, FOXE1, NRG1, NKX2-1, BATF ed DHX3. Inoltre gli SNPs dei geni ARSB e SPATA13 (ASEF2) sono stati associati al rischio della malattia solo nella popolazione italiana. Gli studi di GWAS si basano sull’analisi degli SNPs presenti nei blocchi di Linkage Disequilibrium (LD) e mirano a determinare la loro associazione con la patologia, senza però svelare il loro ruolo funzionale.
Questo studio si pone quindi lo scopo di analizzare il possibile ruolo funzionale degli SNPs rs13184587 e rs1220597. In particolare, è stato valutato se lo SNP rs13184587 altera l’espressione dei geni ARSB e BHMT2 e se lo SNP rs1220597 influenza i livelli di mRNA del gene SPATA13.
La prima parte di questo lavoro si basa sulla raccolta di campioni di sangue periferico, estrazione di DNA ed RNA e genotipizzazione tramite TaqMan Real Time PCR. Nella seconda parte è stata valutata la variazione di espressione dei geni selezionati tramite la tecnica di Allele-Specific Gene Expression (ASGE) nei campioni eterozigoti. Infine è stata eseguita un’analisi statistica dei risultati ottenuti.
Dalle analisi effettuate risulta che gli SNP rs13184587 e rs1220597 non influenzano l’espressione dei geni in esame. Ulteriori studi sono necessari per valutare il ruolo funzionale di queste variazioni geniche o di SNP nello stesso blocco di LD.
Il DTC è una patologia complessa, causata da fattori di rischio genetici ed ambientali. Per individuare possibili polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) coinvolti nell’eziologia del DTC, sono stati effettuati studi di associazione sull’intero genoma (GWAS) che hanno portato all’identificazione di una forte relazione con SNPs dei geni DIRC3, FOXE1, NRG1, NKX2-1, BATF ed DHX3. Inoltre gli SNPs dei geni ARSB e SPATA13 (ASEF2) sono stati associati al rischio della malattia solo nella popolazione italiana. Gli studi di GWAS si basano sull’analisi degli SNPs presenti nei blocchi di Linkage Disequilibrium (LD) e mirano a determinare la loro associazione con la patologia, senza però svelare il loro ruolo funzionale.
Questo studio si pone quindi lo scopo di analizzare il possibile ruolo funzionale degli SNPs rs13184587 e rs1220597. In particolare, è stato valutato se lo SNP rs13184587 altera l’espressione dei geni ARSB e BHMT2 e se lo SNP rs1220597 influenza i livelli di mRNA del gene SPATA13.
La prima parte di questo lavoro si basa sulla raccolta di campioni di sangue periferico, estrazione di DNA ed RNA e genotipizzazione tramite TaqMan Real Time PCR. Nella seconda parte è stata valutata la variazione di espressione dei geni selezionati tramite la tecnica di Allele-Specific Gene Expression (ASGE) nei campioni eterozigoti. Infine è stata eseguita un’analisi statistica dei risultati ottenuti.
Dalle analisi effettuate risulta che gli SNP rs13184587 e rs1220597 non influenzano l’espressione dei geni in esame. Ulteriori studi sono necessari per valutare il ruolo funzionale di queste variazioni geniche o di SNP nello stesso blocco di LD.
File
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