• nanopore sequencing
• virulence factor
• antimicrobial resistance
• food
• sequenziamento
• alimenti
• NGS
• antobiotico-resistenza
• fattori di virulenza
• aeromonas

Lo scopo della tesi è stato quello di utilizzare il sequenziamento di terza generazione per caratterizzare quattro ceppi di Aeromonas spp. isolati da alimenti. Dopo l’estrazione degli acidi nucleici, per ogni campione è stato effettuato un sequenziamento tramite la piattaforma MinION di Nanopore. Le reads prodotte sono state filtrate per qualità e lunghezza, quindi assemblate per ottenere i genomi batterici. Sui dati genomici è stata effettuata una ricerca dei geni di antibiotico-resistenza e dei fattori di virulenza grazie all'utilizzo dei database disponibili in letteratura e di apposite piattaforme informatiche. Il sequenziamento tramite nanopori ha permesso in breve tempo di generare sequenze utili alla ricostruzione e la successiva analisi dei genomi batterici. Tutti i ceppi hanno mostrato possedere potenziale patogeno per l’uomo e sono risultati portatori di geni correlati all’ antibiotico-resistenza.

The purpose of this thesis was to use third-generation sequencing to characterize four strains of Aeromonas spp. isolated from food. After nucleic acid extraction, sequencing was performed for each sample using Nanopore's MinION platform. The reads produced were filtered for quality and length, then assembled to obtain bacterial genomes. A search for antibiotic resistance genes and virulence factors was performed on the genomic data using databases available in the literature and appropriate computer platforms. Nanopore sequencing made it possible in a short time to generate sequences useful for reconstruction and subsequent analysis of bacterial genomes. All strains were shown to possess pathogenic potential for humans and were found to carry genes related to antibiotic resistance.