Tesi etd-01042022-191705 |
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Tipo di tesi
Tesi di laurea magistrale
Autore
PAOLIERI, GIULIA
URN
etd-01042022-191705
Titolo
Ricerca ed identificazione di batteri produttori di carbapenemasi in latte ovino massale
Dipartimento
SCIENZE AGRARIE, ALIMENTARI E AGRO-AMBIENTALI
Corso di studi
BIOSICUREZZA E QUALITA DEGLI ALIMENTI
Relatori
relatore Dott.ssa Turchi, Barbara
relatore Dott. Bertelloni, Fabrizio
correlatore Dott.ssa Pedonese, Francesca
relatore Dott. Bertelloni, Fabrizio
correlatore Dott.ssa Pedonese, Francesca
Parole chiave
- antibiotico resistenza
- antimicrobial resistance
- carbapenemase
- carbapenemasi
- latte
- milk
- Stenotrophomonas maltophilia
- Stenotrophomonas maltophilia
Data inizio appello
24/01/2022
Consultabilità
Non consultabile
Data di rilascio
24/01/2062
Riassunto
I carbapenemi sono antibiotici di ultima istanza nella cura di infezioni dovute a batteri multiresistenti e, pertanto, per arginare eventuali fenomeni di resistenza, non possono essere utilizzati negli animali da produzione. La presenza di microrganismi produttori di carbapenemasi negli alimenti di origine animale è quindi molto preoccupante. I geni codificanti tali enzimi potrebbero infatti essere trasmessi per via orizzontale attraverso elementi genetici mobili al microbiota umano determinando l'inefficacia dei carbapenemi nella cura delle infezioni. Lo scopo del presente lavoro è stata la ricerca di batteri produttori di carbapenemasi in latte ovino massale. La procedura di laboratorio ha previsto, dopo un prearricchimento non selettivo con acqua peptonata tamponata, un primo isolamento su un terreno selettivo e differenziale (CRE Medium) che ha permesso di evidenziare una crescita microbica nel 69% dei 97 campioni analizzati. Dopodiché, è stata effettuata una caratterizzazione degli isolati ottenuti a livello fenotipico sottoponendoli ad antibiogramma e ai più specifici test di valutazione della produzione di carbapenemasi, simplified Carbapenemase Inactivation method (sCIM) e modified Carbapenemase Inactivation method (mCIM). L’antibiogramma ha dimostrato che il 46% degli isolati era resistente ad imipenem (IPM) e meropenem (MEM). Le ulteriori analisi hanno interessato solo gli isolati che avevano mostrato resistenza a IPM e MEM. Il metodo sCIM non ha evidenziato la presenza di batteri produttori di carbapenemasi, mentre, con il metodo mCIM, il 13% è risultato positivo. Mediante Multiplex-PCR, sono stati quindi ricercati geni codificanti per alcune delle principali carbapenemasi (IMP, VIM, SPM, NDM, OXA-48, KPC e BIC): nessun isolato è risultato positivo. Infine, per comprendere l’origine della resistenza osservata, si è proceduto con l’identificazione degli isolati e ne è risultato che il 77% apparteneva alla specie Stenotrophomonas maltophilia, seguito da Stenotrophomonas pavanii e Enterococcus fecalis (7% entrambi), Pseudomonas aeruginosa e Pseudomonas koreensis (3% entrambi). Stenotrophomonas maltophilia, la specie prevalentemente isolata, è un patogeno opportunista nosocomiale dotato di resistenza intrinseca ai carbapenemi generalmente dovuta alla produzione degli enzimi inducibili L1 ed L2: il 58% degli S. maltophilia possedeva infatti i geni codificanti entrambi gli enzimi, il 25% solo il gene codificante L1, mentre il 17% nessuno dei due geni.
Carbapenems are antibiotics of last resort in the treatment of infections due to multidrug-resistant bacteria and, therefore, to stem any resistance phenomena, they cannot be used in farm animals. The finding of carbapenemase-producing microorganisms in food of animal origin is therefore very worrying. The genes encoding these enzymes could in fact be transmitted horizontally through mobile genetic elements to the human microbiota, determining the ineffectiveness of carbapenems in treating infections. The aim of the present work was the search for carbapenemase producing bacteria in bulk tank sheep milk. After a non-selective pre-enrichment step with buffered peptone water, isolation on a selective and differential medium (CRE Medium) which allowed to highlight a microbial growth in 69% of the 97 samples analysed. Then, a phenotypic characterization was carried out by submitting the isolates to an antibiogram and to the more specific tests for the evaluation of carbapenemase production, simplified Carbapenemase Inactivation method (sCIM) and modified Carbapenemase Inactivation method (mCIM). The antibiogram showed that 46% of the isolates was resistant to imipenem (IPM) and meropenem (MEM). Further analysis wereperformed only on isolates showing resistance to IPM and MEM. The sCIM method did not show the presence of carbapenemase producing bacteria, while, with the mCIM method, 13% of the isolates was positive. By means of Multiplex-PCR, genes coding for some of the main carbapenemases (IMP, VIM, SPM, NDM, OXA-48, KPC and BIC) were then searched: no isolate was positive. Finally, in order to understand the origin of the observed resistance, the isolates were identified, and it was found that 77% belonged to Stenotrophomonas maltophilia, followed by Stenotrophomonas pavanii (7%), Enterococcus fecalis (7%), Pseudomonas aeruginosa (3%) and Pseudomonas koreensis (3%). Stenotrophomonas maltophilia, the predominantly isolated species, is a nosocomial opportunistic pathogen with intrinsic resistance to carbapenems generally due to the production of inducible enzymes L1 and L2: 58% of S. maltophilia possessed both genes encoding these enzymes, 25% only gene encoding L1, while 17% neither of the two genes.
Carbapenems are antibiotics of last resort in the treatment of infections due to multidrug-resistant bacteria and, therefore, to stem any resistance phenomena, they cannot be used in farm animals. The finding of carbapenemase-producing microorganisms in food of animal origin is therefore very worrying. The genes encoding these enzymes could in fact be transmitted horizontally through mobile genetic elements to the human microbiota, determining the ineffectiveness of carbapenems in treating infections. The aim of the present work was the search for carbapenemase producing bacteria in bulk tank sheep milk. After a non-selective pre-enrichment step with buffered peptone water, isolation on a selective and differential medium (CRE Medium) which allowed to highlight a microbial growth in 69% of the 97 samples analysed. Then, a phenotypic characterization was carried out by submitting the isolates to an antibiogram and to the more specific tests for the evaluation of carbapenemase production, simplified Carbapenemase Inactivation method (sCIM) and modified Carbapenemase Inactivation method (mCIM). The antibiogram showed that 46% of the isolates was resistant to imipenem (IPM) and meropenem (MEM). Further analysis wereperformed only on isolates showing resistance to IPM and MEM. The sCIM method did not show the presence of carbapenemase producing bacteria, while, with the mCIM method, 13% of the isolates was positive. By means of Multiplex-PCR, genes coding for some of the main carbapenemases (IMP, VIM, SPM, NDM, OXA-48, KPC and BIC) were then searched: no isolate was positive. Finally, in order to understand the origin of the observed resistance, the isolates were identified, and it was found that 77% belonged to Stenotrophomonas maltophilia, followed by Stenotrophomonas pavanii (7%), Enterococcus fecalis (7%), Pseudomonas aeruginosa (3%) and Pseudomonas koreensis (3%). Stenotrophomonas maltophilia, the predominantly isolated species, is a nosocomial opportunistic pathogen with intrinsic resistance to carbapenems generally due to the production of inducible enzymes L1 and L2: 58% of S. maltophilia possessed both genes encoding these enzymes, 25% only gene encoding L1, while 17% neither of the two genes.
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