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Tesi etd-10062011-174730


Thesis type
Tesi di laurea magistrale
Author
FACIONI, MARIA SOLE
URN
etd-10062011-174730
Title
Identificazione della 3'UTR umana del gene NPPC (natriuretic-precursor peptide C) e dei suoi polimorfismi genetici
Struttura
SCIENZE MATEMATICHE, FISICHE E NATURALI
Corso di studi
BIOLOGIA MOLECOLARE E CELLULARE
Commissione
relatore Prof. Landi, Stefano
Parole chiave
  • NPPC
  • 3'UTR
  • polimorfismi
Data inizio appello
27/10/2011;
Consultabilità
parziale
Data di rilascio
27/10/2051
Riassunto analitico
Lo scompenso cardiaco (SC) dà origine ad una serie di alterazioni che comportano l’attivazione del sistema nervoso adrenergico e del sistema renina-angiotensina-aldosterone, nonchè delle endoteline e dei peptidi natriuretici. Di grande interesse a tal proposito è il peptide natriuretico di tipo C (CNP), prodotto principalmente dall’endotelio. Solo recentemente è stato evidenziato un aumento tissutale della sua produzione in pazienti affetti da SC. In questa situazione, di solito, anche i livelli plasmatici di CNP risultano elevati in relazione alla severità della malattia. Tuttavia, questo marcatore plasmatico non è sempre predittivo dell’andamento clinico, in quanto non sono rari i casi di livelli bassi di CNP a dispetto di andamenti sfavorevoli o di livelli alti con danno cardiaco lieve.
Si ipotizza che queste differenze possano avere delle basi genetiche. Cosi’, al fine di individuare i marcatori genetici (polimorfismi) che siano responsabili di questo comportamento occorre focalizzare l’attenzione sulle regioni regolatrici del gene NPPC (natriuretic-precursor peptide C), regioni che possono influenzare il livello di trascrizione genica e di traduzione della proteina.
Mediante una ricerca in UCSC-genome browser è stata definita la posizione del promotore, mentre abbiamo notato che la 3’UTR nell’uomo non era ancora stata descritta. Quindi sono state messe a punto le condizioni per effettuare una 3’- RACE, preceduta da estrazione di RNA da tessuto cardiaco di pazienti scompensati e da retrotrascrizione in cDNA. Il tessuto cardiaco è stato prelevato da pazienti con SC che hanno subito l’impianto di un dispositivo di assistenza ventricolare (VAD, ventricular assist device), in attesa di trapianto di cuore. Abbiamo cosi’ caratterizzato il cDNA nella sua porzione 3’ terminale e definito due possibili varianti di splicing recanti due possibili 3’UTR, una delle quali nella posizione ortologa ad altri mammiferi. Una volta definita la 3’UTR sul DNA genomico del gene NPPC abbiamo ricercato eventuali varianti genetiche in questa regione, partendo dall’estrazione di DNA da tessuto cardiaco degli stessi soggetti. Il DNA ottenuto da tessuto cardiaco è stato amplificato tramite PCR e sequenziato con la reazione di Sanger.
Per caratterizzare da un punto di vista strutturale il gene NPPC, è stato analizzato anche l'esone 2. Al fine di identificare soggetti con polimorfismi in questa regione, abbiamo effettuato su campioni di plasma la High Resolution Melting (HRM), metodo di analisi post-PCR che permette di identificare le molecole di amplificato contenenti DNA eteroduplex (cioè permette di identificare velocemente i portatori di eterozigosità entro un amplicone). Gli individui eterozigoti sono stati sequenziati. Tra le prospettive future è ipotizzabile la caratterizzazione sia della regione 5’UTR che del promotore e di individuare eventuali polimorfismi al loro interno.
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