• docking
• mmpbsa
• scoring
• virtual screening

Il docking molecolare è un metodo che generalmente consente di predire l’orientamento e le interazioni di una molecola all’interno di una proteina o acido nucleico. I software di docking sono solitamente costituiti da algoritmi di ricerca e funzioni di scoring. Gli algoritmi di ricerca servono per generare quante più possibili orientazioni del ligando all’interno del recettore (pose), mentre spetta alla funzione di scoring classificare tali orientazioni assegnando loro un punteggio (score) sulla base delle interazioni ligando-proteina ad esse associate.
Lo scopo della presente tesi è stato quello di cercare di migliorare l’affidabilità di AutoDock (ADT), uno dei più usati software di docking utilizzando funzioni di scoring diverse da quelle presenti nel programma per classificare le pose generate dall’algoritmo di ricerca e allo stesso tempo valutare l’affidabilità delle funzioni di scoring testate. Infine, è stata testata un’ulteriore strategia di rescoring, basata sul calcolo delle energie di interazione proteina-ligando effettuato con un protocollo di Molecular Mechanics - Poisson-Boltzmann Surface Area (MM-PBSA).