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Thesis etd-09252008-093510


Thesis type
Tesi di laurea specialistica
Author
KALLI, FRANCESCA
URN
etd-09252008-093510
Thesis title
Ricerca di Open Reading Frames (ORFs) nella regione 8q24 coinvolta nel rischio di tumore al colon retto e alla prostata nell'uomo
Department
SCIENZE MATEMATICHE, FISICHE E NATURALI
Course of study
SCIENZE E TECNOLOGIE BIOMOLECOLARI
Supervisors
Relatore Dott. Landi, Stefano
Keywords
  • cancro colon rettale
  • open reading frame
  • rs6983267
Graduation session start date
27/10/2008
Availability
Partial
Release date
27/10/2048
Summary
Il Cancro Colon Rettale (CRC) è una neoplasia maligna molto diffusa nei paesi occidentali che colpisce la porzione centrale (colon) e terminale (retto) dell’intestino crasso: rappresenta il risultato finale di una serie di eventi mutazionali che portano le cellule della mucosa del colon a trasformarsi da sane in neoplastiche. Si tratta di una patologia multifattoriale alla cui insorgenza contribuiscono fattori di rischio ambientali (stili di vita, familiarità…) e genetici.
Da recenti studi di associazione effettuati su tutto il genoma è emersa l’esistenza di un locus di suscettibilità a livello del braccio lungo del cromosoma 8 (8q24). In questa zona sono presenti dei polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs). Uno di questi, rs6983267, fa sì che a livello del nucleotide 128482487 la G venga sostituita da una T. Chi possiede la forma variante ha un aumento del rischio di sviluppare cancro colon-rettale ed alla prostata (con un OR compreso tra 1.17 e 1.22).
Partendo dall’osservazione che la regione entro 8q24 risulta essere ultra-conservata e che all’interno di essa è presente un polimorfismo associato al rischio di sviluppare cancro del colon retto (ma anche della prostata) ma che in tale regione non sono presenti geni noti o predetti, in questa tesi ci si è posti l’obiettivo di cercare di individuare la presenza di un trascritto, possibilmente soggetto a splicing.
Dopo una innumerevole serie di RT-PCR effettuate sull’RNA messaggero estratto da tessuti normali è effettivamente emersa la presenza di un amplificato che indica una attività trascrizionale di una porzione di circa 400 nucleotidi, all’interno della regione ultra-conservata. La porzione di amplificato non subisce attività di splicing e questo rende impossibile l’identificazione di strutture esoniche e introniche. Il trascritto potrebbe codificare per una Open Reading Frame senza introni, tuttavia alcune considerazioni evoluzionistiche porterebbero ad escludere questa ipotesi. Si potrebbe supporre la presenza di un RNA con funzioni regolatrici. L’RNA possiede la coda poli-A (dato che il cDNA è stato preparato con oligo-dT). Le ricerche nei vari database non hanno permesso di caratterizzare l’amplificato da un punto di vista funzionale e gli esperimenti effettuati mediante 3’ RACE non hanno permesso di estendere il frammento alla sua estremità 3’. Si conclude che il trascritto, svolge un ruolo, non ancora ben identificato. Si renderanno necessarie ulteriori indagini di tipo funzionale.
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