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Tesi etd-02202011-152231


Thesis type
Tesi di laurea specialistica
Author
BISCARDI, EMILIANO
URN
etd-02202011-152231
Title
Strumenti computazionali per la mobilomica, una nuova branca della bioinformatica
Struttura
SCIENZE MATEMATICHE, FISICHE E NATURALI
Corso di studi
TECNOLOGIE INFORMATICHE
Commissione
relatore Prof. Marangoni, Roberto
correlatore Dott. Battaglia, Giovanni
controrelatore Prof. Bevilacqua, Roberto
Parole chiave
  • elementi mobili
  • mobilomica
  • Regender
  • allineamento
Data inizio appello
11/03/2011;
Consultabilità
parziale
Data di rilascio
11/03/2051
Riassunto analitico
La mobilomica è una nuova branca della bioinformatica che studia le dinamiche degli elementi mobili presenti nel DNA, entità capaci di replicarsi e spostarsi autonomamente entro il genoma.<br>Ipotizzando che per genomi evolutivamente molto vicini tra loro le mutazioni cromosomiche siano implicabili principalmente all&#39;azione degli elementi mobili, un&#39;analisi di genomica comparativa potrebbe portare alla identificazione degli elementi mobili di un genoma.<br>In questa tesi mostreremo come una semplice comparazione genomica, mediante un allineamento greedy, basato su rolling-hash, consenta di estrarre rapidamente le regioni genomiche conservate, in modo da poter analizzare la parte non-conservata alla ricerca di elementi mobili che si sono spostati. Questa promettente metodologia è stata implementata con un applicativo chiamato REGENDER (rilasciato in versione pubblica), e testata su un dataset di 39 ceppi della specie di lievito S. cerevisae. I risultati sono stati confrontati, sia in termini di prestazioni che di qualità, con 8 tra i principali tool di allineamento presenti nel panorama della bioinformatica.<br>Le conclusioni mostrano la bontà dell&#39;approccio seguito e la sua potenza in termini di risultati biologicamente interessanti.
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