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Tesi etd-02202011-152231


Thesis type
Tesi di laurea specialistica
Author
BISCARDI, EMILIANO
URN
etd-02202011-152231
Title
Strumenti computazionali per la mobilomica, una nuova branca della bioinformatica
Struttura
SCIENZE MATEMATICHE, FISICHE E NATURALI
Corso di studi
TECNOLOGIE INFORMATICHE
Supervisors
relatore Prof. Marangoni, Roberto
correlatore Dott. Battaglia, Giovanni
controrelatore Prof. Bevilacqua, Roberto
Parole chiave
  • elementi mobili
  • mobilomica
  • Regender
  • allineamento
Data inizio appello
11/03/2011;
Consultabilità
Parziale
Data di rilascio
11/03/2051
Riassunto analitico
La mobilomica è una nuova branca della bioinformatica che studia le dinamiche degli elementi mobili presenti nel DNA, entità capaci di replicarsi e spostarsi autonomamente entro il genoma.
Ipotizzando che per genomi evolutivamente molto vicini tra loro le mutazioni cromosomiche siano implicabili principalmente all'azione degli elementi mobili, un'analisi di genomica comparativa potrebbe portare alla identificazione degli elementi mobili di un genoma.
In questa tesi mostreremo come una semplice comparazione genomica, mediante un allineamento greedy, basato su rolling-hash, consenta di estrarre rapidamente le regioni genomiche conservate, in modo da poter analizzare la parte non-conservata alla ricerca di elementi mobili che si sono spostati. Questa promettente metodologia è stata implementata con un applicativo chiamato REGENDER (rilasciato in versione pubblica), e testata su un dataset di 39 ceppi della specie di lievito S. cerevisae. I risultati sono stati confrontati, sia in termini di prestazioni che di qualità, con 8 tra i principali tool di allineamento presenti nel panorama della bioinformatica.
Le conclusioni mostrano la bontà dell'approccio seguito e la sua potenza in termini di risultati biologicamente interessanti.
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