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Tesi etd-02192014-182155


Thesis type
Tesi di laurea specialistica LC5
Author
MESSINA, ANTONINO
URN
etd-02192014-182155
Title
Identificazione di Sparidi di interesse commerciale sui mercati internazionali mediante DNA Barcoding
Struttura
SCIENZE VETERINARIE
Corso di studi
MEDICINA VETERINARIA
Commissione
relatore Prof.ssa Gianfaldoni, Daniela
Parole chiave
  • mitochondrial COI gene
  • identificazione di specie
  • gene COI mitocondriale
  • DNA barcoding
  • DNA barcoding
  • Porgies
  • Sparidae
  • species identification
Data inizio appello
07/03/2014;
Consultabilità
completa
Riassunto analitico
La famiglia Sparidae comprende 36 generi e 133 specie. Di queste, 85 sono sfruttate commercialmente a livello internazionale. Nonostante da un punto di vista morfologico le specie appartenenti ai differenti generi possano risultare molto simili, esiste invece una netta differenza per quanto riguarda la qualità delle carni ed il loro prezzo di vendita. Inoltre, la dentatura, che spesso rappresenta l’unico elemento diagnostico per discriminare i vari generi, non risulta disponibile nel caso di prodotti preparati e trasformati. Per questo motivo, le sostituzioni fraudolente fra esemplari appartenenti a specie differenti risultano possibili e costituiscono un problema non soltanto per la lealtà commerciale nei confronti del consumatore ma anche per la corretta gestione degli stock ittici. Lo scopo di questo lavoro è stato quello di valutare la possibilità di utilizzare la metodica del DNA barcoding per l’identificazione molecolare delle specie d’interesse commerciale appartenenti alla famiglia Sparidae. A tal fine sono stati raccolti 296 campioni di riferimento, di cui 89 esemplari freschi e 207 campioni di tessuto conservati in etanolo, provenienti da 64 specie. Inoltre, sono stati raccolti 55 campioni commerciali acquistati presso pescherie, grande distribuzione organizzata e ristorazione. Alcuni campioni freschi (34 esemplari) sono stati sottoposti a cottura tradizionale (in padella e al forno) per verificare l’effetto di degradazione a carico del DNA. Per tutti i campioni, dopo l’estrazione, il DNA è stato amplificato a mezzo di primers universali. L’amplificabilità del DNA di tutti i campioni analizzati è stata complessivamente del 78%. Nello specifico tale valore è stato dell’82.5% per il DNA dei campioni freschi, del 63% per quello dei campioni conservati in etanolo e del 50% per quello estratto dai campioni sottoposti a cottura. Sono state ottenute 199 sequenze COI di riferimento (lunghezza media di 649 pb) e 55 commerciali. E’ stato ottenuto almeno un barcode per 57 specie. L’utilizzo dell’IDs sul BOLD, supportato dal BIN discordance report, e dell’analisi BLAST su GenBank hanno reso possibile identificare correttamente 43 (75.4%) e 34 (59.6%) specie rispettivamente. L’impossibilità di identificare le restanti specie può essere imputata sia alle strette relazioni filogenetiche all’interno della famiglia sia all’assenza di sequenze di riferimento. Le analisi effettuate sui campioni commerciali hanno evidenziato che 18 campioni (33%) presentavano mislabeling. Alla luce dei nostri risultati il DNA barcoding si conferma un metodo utile per “l’ispezione molecolare” dei prodotti della pesca. <br><br>The family Sparidae (Porgies) comprises 36 genera and 133 species of which 85 are exploited on the international markets. These species are very similar from a morphological point of view and the dentition, that often represents the only diagnostic element for species discrimination, is not always available in prepared and processed products. Thus, considering that the different fish species have different market prices, the fraudulent substitutions among specimens belonging to different species represents a serious problem not only for the fairness of the exchanges but also for the stocks management. The aim of this work was to assess the use of the DNA barcoding method for the molecular identification of Porgies species. Two hundred and ninety-six reference samples, 89 from fresh specimens and 207 from ethanol preserved tissues, belonging to 64 species have been collected. Furthermore, 55 commercial samples have been purchased on the market. Part of the fresh specimens (34) were cooked using traditional procedures to verify the degradation effect on DNA. After the DNA extraction, all the samples have been amplified by using universal primers. Overall, the amplification success was of 78%. In particular, it was 82.5% for the DNA extracted from fresh specimens, 63% for those from ethanol preserved samples and 50% for those obtained from cooked samples. One hundred and ninety-nine reference and 55 commercial sequences have been obtained. At least one barcode have been obtained from 57 species. The IDs on BOLD, supported by the BIN discordance report, and the BLAST analysis on GenBank allowed to correctly identify 43 (75.4%) and 34 (59.6%) species respectively. The impossibility to identify the other species can be explained taking into consideration both the close phylogenetic relationships within the family and the unavailability of some reference sequences on the databases. The analysis performed on the commercial samples revealed a mislabeling involving 18 samples (33%). Our findings confirm the DNA barcoding as a useful tool for the “molecular inspection” of seafood products.
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