• alberi filogenetici
• clonaggio
• pcr

I protisti a vita libera sono componenti ubiquitari delle reti trofiche pelagiche presenti negli ecosistemi acquatici, sia dulciacquicoli che marini, dove svolgono un ruolo molto importante nel trasferimento di materiale organico, sotto forma di atomi di carbonio, dai microorganismi planctonici fino ai metazoi. Negli ultimi decenni, molti studi sono stati rivolti alla ricerca di fattori che influenzano l’abbondanza, la distribuzione ed il comportamento trofico dei protisti in ambienti diversi. Tra questi fattori, la temperatura e la disponibilità di cibo, come pure la densità di predatori, sembrano essere di fondamentale importanza in quanto fattori di controllo “bottom-up” e “top-down”, rispettivamente.
Scopo della tesi è la caratterizzazione molecolare di una specie di protista ciliato del genere Euplotes presente nel Lago Alchichica (Messico) e identificata soltanto come “cf. daidaleos” e dell’unica specie di copepode calanoide presente nel medesimo lago.
Il lavoro di tesi è stato svolto su 2 differenti campionamenti eseguiti in periodi diversi e a quattro diverse profondità: 22, 27, 29 e 30 m. I campioni di acqua del lago sono stati preparati in modo che fossero particolarmente arricchiti di copepodi e di cellule del protista ciliato Euplotes. Dopo concentrazione mediante centrifugazione, aliquote dei campioni sono state conservate in etanolo. Sono stati scelti due marcatori genetici per l’identificazione: come marcatore genetico utile per l’identificazione del copepode è stato selezionato il gene nucleare per l’RNA ribosomale (rRNA) della sub-unità piccola dei ribosomi, o gene 18S, unanimemente ritenuto un buon marcatore specie-specifico; come marcatore genetico per l’identificazione del protista è stato scelto il gene mitocondriale che codifica per la subunità I della citocromo c ossidasi (COI1) utilizzato nell’ambito del progetto DNA Barcoding. Dopo aver estratto il DNA dai campioni ambientali, i geni in questione sono stati sottoposti ad amplificazione genica tramite la tecnica della “Polymerase Chain Reaction”, o PCR. I prodotti di PCR così ottenuti sono stati sottoposti a clonaggio ed i cloni ricombinanti sequenziati. Le sequenze geniche ottenute sono state sottoposte ad analisi comparativa con sequenze omologhe depositate nelle banche-dati (GenBank/EMBL), eseguita tramite il programma “BLAST” (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), in maniera tale da identificare su basi molecolari i due taxa. Le sequenze sono state sottoposte ad analisi filogenetiche.