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Archivio digitale delle tesi discusse presso l'Università di Pisa

Tesi etd-09152008-155840


Tipo di tesi
Tesi di laurea specialistica
Autore
LAZZARO, IRENE
URN
etd-09152008-155840
Titolo
Qualitative and quantitative monitoring of mycotoxigenic Fusarium species in Danish maize samples using Real - Time PCR and Microarrays.
Dipartimento
AGRARIA
Corso di studi
BIOTECNOLOGIE VEGETALI E MICROBICHE
Relatori
Relatore Prof. Guidi, Lucia
Relatore Prof.ssa Vergara, Mariarosaria
Parole chiave
  • QPCR
  • mycotoxins
  • Fusarium
  • Microarray
Data inizio appello
06/10/2008
Consultabilità
Parziale
Data di rilascio
06/10/2048
Riassunto
Lo scopo del mio lavoro di tesi è stato il confronto delle tecniche molecolari Real-Time PCR (QPCR) e Microarray per l’identificazione e la quantificazione del DNA di undici specie di Fusarium presenti su campioni di mais danese. La tesi, infatti, fa parte del progetto danese “Mycotoxins carry-over from maize silage via cattle into diary product”. Tutte le specie di Fusarium oggetto di questo studio sono ben noti patogeni del mais, produttori di micotossine: F. graminearum, F. culmorum, F. avenaceum, F. subglutinans, F. poae, F. langsethiae, F. proliferatum, F. verticilloides, F. sporotrichioides, F. tricinctum e F. equiseti. Le prove per valutare la QPCR come metodo molecolare di diagnostica hanno costituito il corpo principale della tesi. Una volta eseguita la validazione del metodo, sono stati eseguiti undici saggi QPCR basati sulla sequenza EF-1 alfa (elongation factor-1 alfa), ciascuno specifico per una delle specie di Fusarium sopracitate. La parte riguardante il Microarray si è basata sugli studi preliminari di un progetto in fase di sviluppo, riguardante l’identificazione delle suddette specie di Fusarium, utilizzando la sequenza EF-1 alfa. Tutti i saggi Microarray sono stati realizzati servendosi della tecnologia degli “spotted arrays”. Il metodo della QPCR si è rivelato un valido strumento sia per l’identificazione che per la quantificazione del DNA delle undici specie di Fusarium analizzate. Anche la tecnologia Microarray ha permesso l’identificazione di tali specie, ma ulteriori prove sono necessarie per completare l’analisi.
Il lavoro di tesi ha, inoltre, riguardato la ricerca di un’eventuale correlazione tra il livello di micotossine nei campioni e la quantità di DNA della corrispondente specie di Fusarium produttrice. Le micotossine oggetto di questo studio sono state i tricoteceni (deossinivalenolo, nivalenolo, tossine HT-2 e T-2), lo zearalenone e le fumonisine B1 e B2. Una correlazione del 100% è stata evidenziata tra fumonisine e DNA di F. proliferatum. Relativamente al deossinivalenolo, è stata rilevata una bassa correlazione con il DNA di F. graminearum, mentre non è stata riscontrata corrispondenza con le altre specie di Fusarium produttrici. Infine nessuna correlazione è stata registrata tra nivalenolo, zearalenone, tossine T-2 e HT-2 ed il DNA delle rispettive specie di Fusarium produttrici.
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