• trasposoni
• NGS
• assemblaggio
• retrotrasposoni
• sequenze ripetute
• annotazione
• mapping
• olivo
• genomica strutturale
• ripetizioni in tandem

Il genoma dell'olivo ha una grandezza stimata di 1,5 Gb, e risulta ancora poco caratterizzato. In particolare, della componente ripetitiva del DNA - che in gereale nei genomi delle piante svolge un ruolo di primaria importanza in seguito ad eventi di poliploidizzazione ed amplificazione differenziale - soltanto 4 sequenze ripetute in tandem sono state isolate, assieme a putativi frammenti di retrotrasposoni. Tuttavia manca una visione globale della frazione ripetuta del genoma di olivo: pertanto, in vista del sequenziamento completo del genoma di Olea europaea L. - sfruttando tecniche di next-generation sequencing con tecnologia Illumina e 454 - è stata messa a punto una procedura computazionale per assemblare e mappare(mediante CLC-Bio Genomic workbench, isolare e annotare (mediante BLAST X e BLAST N sui database NCBI "non redundant" nucleotide e protein Genbank, BLAST N su Repbase Upgrade e Tandem Repeats Finder) le Repeated Sequences (RS). I dati ottenuti - confrontati con una "small insert library" ottenuta con metodo sanger - mostravano un'alta percentuale di tandem repeats (26,10 %), di retroelementi, ma anche di sequenze non classificate (in visrtù della scarsa caratterizazione del genoma e quindi della bassa rappresentatività delle sequenze nei database disponibili online). Era pertanto possibile ipotizzare che l'approccio di tipo computazionale adottato - nonostante la piccola dimensione delle reads utilizzate - risultava affidabile, grazie al confronto con la libreria Sanger che metteva in evidenza le stesse percentuali di sequenze riscontrate con OLEAREP.