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Archivio digitale delle tesi discusse presso l'Università di Pisa

Tesi etd-05252015-145008


Tipo di tesi
Tesi di laurea magistrale
Autore
MANNOZZI, GIADA
URN
etd-05252015-145008
Titolo
Automatic analysis of protein chip experiments
Dipartimento
INGEGNERIA DELL'INFORMAZIONE
Corso di studi
INGEGNERIA BIOMEDICA
Relatori
tutor Dott. Muzzi, Alessandro
relatore Dott. Bechini, Alessio
Parole chiave
  • protein chip
  • automatic analysis
  • VMD
Data inizio appello
12/06/2015
Consultabilità
Completa
Riassunto
Questo lavoro di tesi è stato svolto presso la ricerca di Novartis V&D.
Lo scopo del progetto riguarda l’analisi sistematica di segnali d’uscita provenienti dalla tecnologia ad alta produttività del cosiddetto protei chip. Per quanto riguarda l’argomento dei test effettuati, sono stati usati campioni di sieri provenienti da vaccinazioni di individui polacchi, successivamente analizzati da esperimenti di protein chip.
Questo lavoro inizia spiegando lo stato dell’arte riguardo la malattia provocata dal batterio della Neisseria Meningitidis e successivamente la base scientifica di un esperimento di protein chip. Lo stesso continua con una descrizione dei programmi usati per interpretare i dati provenienti dagli studi clinici. Una prima sezione tratta della costruzione di differenti filtraggi sui dati e l’implementazione di metodi statistici attraverso il linguaggio di programmazione Python. Dopo, è stata effettuata una parte più grafica del lavoro che usa il programma VMD per visualizzare sezioni di molecole e le loro interazioni coi sieri umani. Alla fine, si trova la spiegazione e la discussione di tutti i risultati e grafici ottenuti e naturalmente le conclusioni e gli sviluppi futuri.

This work was held at Novartis V&D research.
The aim of the project concerns the systematic analysis of the output signal derived from a high throughput technology of protein microarrays. As regarding the subject of my tests, samples of sera coming from vaccinations of Poland individuals have been used and they were screened by protein chip experiments.
This work starts explaining the state of art about the disease provoked by Neisseria Meningitidis bacterium and successively the scientific basis of an experiment of protein chip; then it continues with a description of the programs used to interpret the data coming from clinical studies. A first section deals with the construction of different filterings on data and the implementation of statistical analysis methods, by programming in python scripting language; after, there is a visual component of the work which uses VMD program to visualize parts of molecules and their interaction with human sera. At the end, there is the exposition and the discussion of all the obtained results and graphs and, obviously, the following conclusions and the future developments.
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