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La scienza utilizza le metafore sia nella formulazione delle proprie teorie che nelle strutture formali di indagine della realtà. Analizzare il ruolo che metafore e modelli hanno nella ricerca scientifica permette di superare vecchie teorie epistemologiche estremamente empiriste, come ad esempio la separazione tra il contesto della scoperta e quello della giustificazione ad opera dei Neopositivisti.
Nello sviluppare i modelli appropriati e nella scelta tra modelli rivali, inoltre, la comunità scientifica si affida spesso a valori estetici come simmetria e bellezza. Questi si rivelano strumenti utili per indagare lo sviluppo di modelli teorici, ed il loro essere accolti o meno dalla comunità scientifica.
Sarà infine analizzato il caso storico del modello atomico di Rutherford, nel quale si riscontrerà il ruolo primario della metafora nel definire un riferimento, e come il modello abbia agito come una metafora interattiva.