• genomica comparata
• NGS sequencing
• Trichoderma

Molti isolati di Trichoderma sono ben noti per i loro effetti benefici che si esplicano sia in termini di protezione delle piante contro fattori biotici e abiotici che di promozione della crescita. L’isolato Trichoderma gamsii 6085 è da tempo noto come agente di lotta biologica, in condizioni di laboratorio e in campo, contro gli agenti causali del Fusarium Head Blight (FHB) o Fusariosi del frumento, in particolare Fusarium graminearum e Fusarium culmorum, di cui,grazie alla sua abilità di crescere in presenza di deossinivalenolo, ne limita la crescita e la produzione di micotossine.
Trichoderma harzianum 6776 svolge la sua azione benefica stimolando la crescita di pomodoro, attraverso un effetto di stimolo dell’attività fotosintetica, produzione di ormoni e presenza di zuccheri nella pianta. Inoltre è in grado di indurre resistenza a stress biotici ed abiotici.
Nella presente tesi il DNA totale genomico di entrambi gli isolati è stato sequenziato mediante la tecnologia MiSeq Illumina, con sequenze mate pair-ends di 250bp. Le sequenze ottenute (copertura media 80X per T. harzianum e 90X per T. gamsii) sono state assemblate con Velvet versione 1.2.07.
Il genoma assemblato di T. gamsii 6085 è risultato essere composto da 381 scaffolds con una lunghezza totale di 37.97 Mbp mentre quello di T. harzianum 6776 da 1573 scaffolds con una lunghezza totale di 39.73 Mbp. La completezza del genoma è stata valutata utilizzando CEGMA, che ha stimato la sequenza genomica essere completa al 98.39 % per T. harzianum 6776 e 87,58% per T. gamsii 6085). I genomi sono stati annotati in modo automatico con la pipeline MAKER2. Complessivamente sono stati identificati 10.944 modelli genici codificanti proteine contenute nel genoma nucleare in T. gamsii e 11.501 in T. harzianum.
I proteomi predetti dei genomi degli isolati sequenziati sono stati comparati con altre specie appartenenti al genere Trichoderma e con un insieme di organismi aventi comportamento biologico simile e differente, in modo da poter individuare le espansioni delle famiglie geniche associate alle interazioni di agente di biocontrollo e di micoparassitismo degli isolati oggetto di studio.
In dettaglio sono state caratterizzate le espansioni delle famiglie geniche delle classi enzimatiche appartenenti ai CaZY (Carbohydrate-Active enZYmes) coinvolte nel processo di micoparassitismo di Trichoderma.
Tale studio ha l’obiettivo di fornire una piattaforma utile per ulteriori studi futuri di genomica funzionale quali analisi di trascrittomica, metabolomica e proteomica.