• elementi mobili
• mobilomica
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• allineamento

La mobilomica è una nuova branca della bioinformatica che studia le dinamiche degli elementi mobili presenti nel DNA, entità capaci di replicarsi e spostarsi autonomamente entro il genoma.
Ipotizzando che per genomi evolutivamente molto vicini tra loro le mutazioni cromosomiche siano implicabili principalmente all'azione degli elementi mobili, un'analisi di genomica comparativa potrebbe portare alla identificazione degli elementi mobili di un genoma.
In questa tesi mostreremo come una semplice comparazione genomica, mediante un allineamento greedy, basato su rolling-hash, consenta di estrarre rapidamente le regioni genomiche conservate, in modo da poter analizzare la parte non-conservata alla ricerca di elementi mobili che si sono spostati. Questa promettente metodologia è stata implementata con un applicativo chiamato REGENDER (rilasciato in versione pubblica), e testata su un dataset di 39 ceppi della specie di lievito S. cerevisae. I risultati sono stati confrontati, sia in termini di prestazioni che di qualità, con 8 tra i principali tool di allineamento presenti nel panorama della bioinformatica.
Le conclusioni mostrano la bontà dell'approccio seguito e la sua potenza in termini di risultati biologicamente interessanti.